Федеральный орган исполнительной власти в области таможенного дела включает такие подразделения, как отделы таможенного оформления и контроля, специализированные таможенные подразделения, специализированные акцизные таможенные посты и специализированные таможни, подразделения капитального строительства и эксплуатации объектов таможенной инфраструктуры, отделы нетарифного и экспортного контроля, отделы контроля за доставкой товаров, отделы валютного контроля, отделы таможенных режимов, отделы дознания, оперативные отделы, отделы по борьбе с таможенными правонарушениями, транспортная инспекция, медицинское, кадров, организации силового обеспечения, собственной безопасности и др.
Региональные органы исполнительной власти в области таможенного дела (региональные таможенные управления) являются юридическими лицами, создаются по территориальному принципу, т. е. осуществляют свою деятельность на территории подведомственного региона. Пределы региона деятельности региональных органов исполнительной власти совпадают с границами округа. Они подчиняются непосредственно вышестоящему по отношению к ним федеральному органу исполнительной власти в области таможенного дела и являются вышестоящими для находящихся в их ведении более мелких подразделений таможенной службы, расположенных на вверенной им территории конкретного региона (краевые, областные), через которые они решают возложенные на них задачи во взаимодействии с территориальными органами местного самоуправления, физическими и юридическими лицами других федеральных органов исполнительной власти субъектов РФ.
В соответствии с п. 3 ст. 402 ТК РФ региональные таможенные органы, таможни и таможенные посты действуют на основании общих или индивидуальных положений, утверждаемых федеральным органом исполнительной власти в области таможенного дела.
Таможня подведомствена региональному органу исполнительной власти того региона, на территории которого она создается. Участник ВЭД оформляет товар и все необходимые таможенные формальности в той таможне, на территории которой зарегистрирован его юридический адрес.
Центры таможенного оформления осуществляют все необходимые операции, связанные с осуществлением таможенного оформления, надлежащим образом.
Специализированные таможни выполняют наиболее сложные виды деятельности, регулируют перевоз через границу специфических грузов. Примером специализированных таможен является энергетическая таможня, осуществляющая оформление и контроль за перемещением каких бы то ни было энергоносителей через таможенную границу; акцизная таможня осуществляет оформление и контроль подакцизных товаров.