. Атаман являлся оренбургским гражданским губернатором, обладавшим в военном отношении правами начальника дивизии, а командир Корпуса являлся оренбургским военным губернатором. При атамане существовал штаб (Войсковое дежурство) во главе с начальником штаба – штаб-офицером или генералом, не принадлежавшим к войску. Войсковое дежурство являлось прежде всего органом военного управления, но также ведало хозяйственными и судебными вопросами, в административно-хозяйственном отношении оно действовало через окружные дежурства. В целом войско было преобразовано в практически полностью изолированный от внешнего воздействия орган, а выход из казачьего сословия был запрещен. К началу 1853 г. на действительной службе состояло 4673 казака. В укреплениях Оренбургской пограничной линии, по данным на 1857 г., несли службу 4829 оренбургских и 955 уральских казаков, 1062 солдата и 248 артиллеристов
>80. И хотя в этот период линия уже утрачивала свое военное значение, кордонная стража с нее была снята лишь в 1871 г.
Важным звеном в процессе реформирования системы войскового управления стала эпоха Великих реформ. Пересмотр положений о казачьих войсках начался еще в конце 1850-х гг. В 1865 г. Оренбургское казачье войско было в административном, судебном и полицейском отношениях объединено с Оренбургской губернией, причем представители неказачьих сословий получили разрешение селиться на казачьих землях без причисления к казачеству>81. Казаки составили часть губернского населения, что положило конец их обособленности. Должность Наказного атамана по традиции осталась объединенной с должностью гражданского губернатора. При атамане был создан новый орган – Войсковое хозяйственное правление, регулировавший хозяйственную деятельность войска, взаимодействуя непосредственно со станичными правлениями>82. Высшим органом военного управления войска был Войсковой штаб. С упразднением Отдельного Оренбургского корпуса создавался Оренбургский военный округ во главе с командующим. В 1866 г. территория войска была разделена на три округа.
В 1867 г. последовала новая реформа, облегчившая воинскую повинность оренбургских казаков. Служилый состав войска был ограничен постоянным числом казаков, в результате чего появилась недопустимая ранее категория неслужилых казаков – тех, кто вообще не состоял на действительной службе. Власти планировали из таких казаков создать слой крепких хозяев, обложить их особым налогом в пользу служилой категории, а также направлять их на поддержание хозяйств тех, кто ушел на действительную службу