Вся территория закрытого административно-территориального образования является территорией муниципального образования со статусом городского округа. Территория и границы закрытого административно-территориального образования определяются исходя из особого режима безопасного функционирования предприятий и (или) объектов, а также с учетом потребностей развития населенных пунктов. Границы закрытого административно-территориального образования на период действия особого режима безопасного функционирования могут не совпадать с границами субъектов РФ. Населенные пункты, расположенные в закрытом административно-территориальном образовании, входят в состав городского округа. Таким образом, приведенные перечни населенных пунктов объединяются единым названием города примыкания и в своей совокупности образуют единое закрытое административно-территориальное образование.
Структура, порядок формирования, полномочия и ответственность органов местного самоуправления городского округа закрытого административно-территориального образования определяются в соответствии с законодательством по вопросам местного самоуправления с учетом особенностей, установленных одноименным Законом.
Особый правовой и территориальный статус ЗАТО требовал и особой системы финансирования в области льгот и социальных выплат, проживающим и работающим на его территории гражданам. В этой связи в предшествующих редакциях Закона РФ от 14 июля 1992 г. № 3297-1 «О закрытом административно-территориальном образовании» (с изм. и доп. от 28 ноября 1996 г., 31 июля 1998 г., 2 апреля, 31 декабря 1999 г., 30 декабря 2001 г., 24 декабря 2002 г., 23 декабря 2003 г., 22 августа 2004 г.) был изложен особый порядок формирования бюджета закрытого административно-территориального образования. В числе особенностей последнего прямо было указано, что:
1) дополнительные льготы по налогам и сборам предоставляются соответствующими органами местного самоуправления организациям, зарегистрированным в качестве налогоплательщиков в налоговых органах закрытых административно-территориальных образований, в соответствии с указанным Законом. Право на получение указанных льгот имеют организации, имеющие не менее 90 % основных средств и осуществляющие не менее 70 % своей деятельности на территориях соответствующих закрытых административно-территориальных образований (в том числе не менее 70 % среднесписочной численности работников таких организаций должны составлять лица, постоянно проживающие на территории соответствующего закрытого административно-территориального образования, и не менее 70 % фонда оплаты труда должно выплачиваться работникам, постоянно проживающим на территории соответствующего закрытого административно-территориального образования);