Раскопки на территории Юкатана показали, что фундаменты домов, построенных приблизительно в середине VII века н. э. на склонах холмов, в VIII в. стали покрываться осадочными отложениями. Это означает, что склоны начали подвергаться эрозии и, вероятно, вымыванию полезных веществ из почвы. Кислые почвы предгорий смывались в долину, покрывая более плодородный слой, и это неизбежно должно было снизить урожайность сельскохозяйственных культур. Экологические изменения и ознаменовали начало упадка культуры майя. Заселение склонов холмов и предгорий продлилось всего около ста лет и на пике численности там, по некоторым данным, проживало более 40 % всего населения страны.
Численность индейцев майя в VII веке н. э. стремительно возрастала, многолетние внешние войны, снижающие демографическое давление, были невозможны, поэтому уход населения со склонов холмов скорее всего означает, что обеспечение продовольствием всех жителей городов-государств тяжким бременем легло на земледельцев в долинах, что нарушило хрупкий баланс в обществе. Конкуренция за пищу не могла не привести к усилению социального напряжения, а вожди, видимо, не были в состоянии удержать власть в условиях неожиданно наступившего засушливого периода. Это привело к повсеместным гражданским войнам, крушению власти тогдашних элит и упадку большинства городов майя.
В результате на рубеже IX–X вв. н. э. исчезло (мигровало в джунгли, умерло или было убито), по разным данным, не менее 90 % населения майя, особенно в некогда самой густонаселенной области – низменностях юга. Также исчезла власть вождей как таковая, календарь длительного счета и другие сложные политические и культурные институты. Это ознаменовало собой закат цивилизации майя.
Примерно в 1250 году н. э. в долине Копана (современный Гондурас), которую когда-то облюбовали люди, почти не осталось следов пребывания человека. Повторное появление там через некоторое время пыльцы лесных деревьев (ученые выяснили это путем спорово-пыльцевого анализа местных геологических отложений) при том, что в период расцвета цивилизации майя пыльца практически отсутствовала, представляет собой объективное подтверждение того, что долина Копана практически обезлюдела, и что леса смогли наконец начать восстановление. Выжившие майя (их осталось всего несколько сот тысяч), которые впоследствии сражались с испанскими конкистадорами в XVI веке, сосредоточили свои поселения рядом с надежными источниками воды, как на севере, так и на юге полуострова Юкатан. Тем не менее, в связи с менее комфортными условиями на юге, там проживало в разы меньше людей.