В 1895 году была заключена помолвка с Мэри Джорджиной Ньютон – дочерью хозяйки пансиона, в котором жил Резерфорд. Свадьба состоялась в 1900 году, 30 марта 1901 года у них родилась дочь – Эйлин Мэри.
В Кембридже Резерфорд работал под руководством английского физика Дж. Дж. Томсона. На Томсона произвело глубокое впечатление проведенное Резерфордом исследование радиоволн, и он в 1896 году предложил совместно изучать воздействие рентгеновских лучей (открытых годом ранее Вильгельмом Рентгеном) на электрические разряды в газах. Их сотрудничество увенчалось весомыми результатами, включая открытие Томсоном электрона – атомной частицы, несущей отрицательный электрический заряд. Опираясь на свои исследования, Томсон и Резерфорд выдвинули предположение, что, когда рентгеновские лучи проходят через газ, они разрушают атомы этого газа, высвобождая одинаковое число положительно и отрицательно заряженных частиц. Эти частицы они назвали ионами. После этой работы Резерфорд занялся изучением атомной структуры.
В каждой из трех областей науки, которыми занимался Резерфорд (радиоактивность, атомная и ядерная физика), он сделал фундаментальные открытия, заложившие основы учения о радиоактивности и строении атома. В 1899 году он открыл a– и b-излучения, в 1900 году ввел понятие периода полураспада. В 1903 году вместе с Ф. Содди разработал теорию радиоактивного распада и установил закон превращений радиоактивных элементов. В том же году доказал, что a-излучение – это поток положительно заряженных частиц. Какие именно это частицы – Резерфорд установил в 1909 году, после того как им совместно с Г. Гейгером был сконструирован прибор для регистрации отдельных заряженных частиц (прототип счетчика Гейгера): ими оказались дважды ионизированные атомы гелия.
В 1906 году, изучая прохождение a-частиц через вещество, открыл их рассеяние, затем установил закон рассеяния a-частиц на атомах различных элементов (формула Резерфорда). Эти эксперименты привели его к открытию в атоме плотной «сердцевины» диаметром 10—12 см с положительным зарядом и к созданию новой модели строения атома – планетарной. В 1914 году Резерфорд выдвинул идею об искусственном превращении атомных ядер, а затем первым осуществил искусственную ядерную реакцию, бомбардируя быстрыми