В качестве приглашенного профессора он читал лекции в университетах Германии и Австрии, его научные труды переведены на несколько европейских языков. Он активно сотрудничает и имеет широкую известность как в российских, так и в германских СМИ. С 2015 г. профессор А. Ю. Ватлин является членом Российско-германской комиссии историков, которая в непростое время усложнившихся международных отношений сохраняет плодотворное научное сотрудничество ученых двух стран, инициирует новые научные проекты, в том числе и двуязычные документальные издания. Он входит в редакционный совет «Ежегодника по истории международного коммунизма», который издается в Берлине с конца 1990-х г.
Большое внимание А. Ю. Ватлин уделяет консолидации российских исследователей, избравших в качестве своего жизненного пути изучение германской истории нового и новейшего времени. Вместе с Т. Ю. Тимофеевой им была основана в 2001 г. Рабочая группа молодых историков-германистов России, разработан сайт, и с 2005 г. положена традиция ежегодного проведения российско-германских научных конференций, первая из которых одновременно знаменовала открытие в Москве Германского исторического института. Материалы большинства из них были опубликованы72, а сами научные форумы стали известной площадкой для контактов и дискуссий германских и российских ученых, в том числе из региональных центров и университетов. С полным правом можно констатировать, что Рабочая группа стала инструментом возрождения горизонтальных связей в сообществе историков-германистов, смогла приблизить региональных историков к международным стандартам научных исследований, а возникшие научные связи сохраняются и по сегодняшний день. Традицию вовлечения молодых ученых в международное научное сотрудничество А. Ю. Ватлин продолжил в новом формате, когда в 2017 г. в Гейдельберге совместно с профессором Таней Пентер подготовил первый семинар молодых историков двух стран, материалы которого опубликованы на двух языках в периодическом издании Российско-германской комиссии историков73.
Одна из монографий А. Ю. Ватлина посвящена истории Баварской Советской республики 1919 г. и выполнена в интересной и своеобразной творческой манере, определенной в предисловии как «авторская реконструкция»74. Эта книга в полной мере способна вызвать интерес разных читательских кругов, так как в ней органично сочетаются и научное исследование, и публикация документов, и литературно-художественные эссе. Автор использует свой опыт работы в баварских и российских архивах, вводя в исторический оборот уникальные документы следственных дел баварских коммунистов, уделяя особое внимание ярким деталям событий, разворачивавшихся в Мюнхене и его пригородах. В заключении не только сформулирована авторская позиция по вопросу о «русском следе» в Баварии: «сколько-нибудь ощутимого прямого воздействия Советская Россия на Советскую Баварию не имела»