Дело в том, что латинское слово basilica, как это вообще часто было с латинскими словами, произошло от греческого basilikos /базили́кос/, что значило «царский, царственный». Вот и сохраняется в одном из вариантов ударение языка-посредника. Заметьте, оба варианта – варианты нормы!
В результате практически все словари разрешают в этом слове двойное ударение: «бази́лика» и «базили́ка». Это и справочники Д. Розенталя, и Современный словарь иностранных слов Л.П. Крысина, и Словарь ударений И. Резниченко и, что важно, авторитетный Орфоэпический словарь под редакцией Р. Аванесова.
Ну, и еще: что вы добавляете в салаты – «бази́лик» или «базили́к»? Не возмущайтесь, некоторые старые словари действительно приводили ударение «бази́лик». Проблема та же: слово заимствовалось из французского, где ударение на последнем слоге. Во французском – basilic, но в латинском-то было basilicus, с ударением на втором слоге. Сейчас – только «базили́к». Словарь ударений И. Резниченко предлагает простой способ запомнить, через слово «розмарин»: базили́к – розмари́н.
Мы с вами встречаем это слово чуть ли не каждый день, когда заходим в какой-нибудь магазин, где есть отдел «Бакалея». Бакалея, бакалейные товары. И при этом, бьюсь об заклад, даже не задумываемся над вопросом – почему все эти товары мы называем «бакалеей»?
Между тем, если все-таки призадуматься, слова с этим корнем в нашем богатом языке мы вряд ли найдем. Вывод? Слово, скорее всего, иностранное.
Историко-этимологический словарь П. Черных: «Бакалея – общее наименование продовольственных товаров (чай, сахар, крупа, мука, пряности и т. д.)». В других славянских языках слово это тоже присутствует. В украинском и болгарском – «бакалия», в белорусском, как и у нас, «бакалея». У нас «бакалея» в ходу с середины XVIII века, а в словарях – с середины XIX века. Причем ударение могло быть и на втором слоге: бака́лия!
Всё указывает на то, что в русский язык слово пришло при персидском или турецком посредстве. Однако первоисточник – арабский язык: как сообщает Историко-этимологический словарь, «бакл – травы, овощи, зелень, низкие растения».
А вот у В. Даля версия куда как остроумнее. Уж не знаю, так ли это на самом деле, но он уверен, что «бакалея» – от турецкого выражения «бак-ала»: «гляди и бери», то есть «товар на виду – бери любой»!