Новый скит начал быстро заселяться, и уже через десять лет после основания дикая прежде местность представляла собой монашеский город, в котором жило до четырехсот иноков, числившихся в братии Свято-Пантелеимонова монастыря.
К сожалению, расцвет этот был бурным, но недолгим, и скит в целом разделил печальную историю основавшего его монастыря. Сначала Первая мировая война, а затем революция в России подорвали благосостояние русского иночества на Афоне. Курс греческого государства на эллинизацию Афона, взятый в 1920-е годы, поставил непреодолимую преграду для пополнения афонского монашества выходцами из России. Хиреть и увядать стала жизнь Русика, прежде бившая ключом, и скит Новая Фиваида опустел. Монахи, перебравшиеся в монастырь, вывезли оттуда все, что смогли, оставив одни стены. Долгое время скит стоял мертвым, постепенно превращаясь в руины. Заброшенные корпуса с пустыми глазницами окон, обвалившиеся купола храмов удручающе действовали на паломников, посещавших Святую Гору, представляя собой словно бы символ находящейся в советском пленении Русской Церкви.
Пустынь Новая Фиваида. Современный вид
Однако не так давно жизнь в заброшенном скиту стала возрождаться. В 2000 году в старые руины пришли монахи, и здесь возобновилась монашеская жизнь. Новым насельникам пришлось преодолевать неисчислимые трудности, но помощь Божия споспешествует современным подвижникам, о чем свидетельствует чудо заступничества святого великомученика Пантелеимона, недавно произошедшее в скиту.
В 2012 году, когда должно было торжественно праздноваться столетие со дня освобождения Святой Горы от турецкого владычества, Афон поразила страшная беда – лесной пожар. Летние пожары являются бедствием Афона, где температура поднимается до сорока градусов, а дождя может не быть несколько месяцев. Девственные леса из смолистых сосен, которыми покрыта большая часть полуострова, в жаркое и сухое лето представляют собой факелы, готовые вспыхнуть от малейшей искры. Именно это и случилось на Святой Горе в начале августа 2012 года.
Огонь загорелся недалеко от границы монашеской республики, рядом с греческим скитом Моноксилит. Сначала ветер дул от Афона, но потом поменялся, и огонь начал с невероятной скоростью распространяться вглубь Святой Горы. Пламя, гонимое ветром, сползало и поднималось по горным склонам и ущельям. Моноксилит сгорел дотла. Следующим на пути следования огня был русский скит Новая Фиваида. Это было вечером 8 августа, в канун дня памяти великомученика и целителя Пантелеимона, торжественно празднуемый всеми русскими иноками Афона.