После победы над несторианством в Церкви наступило затишье, и епископ Кирский, вернувшись на свою кафедру, продолжил архипастырское попечение о вверенной пастве и церковно-писательские труды. Но затишье оказалось всего лишь затишьем перед бурей новой ереси, на сей раз более грозной – монофизитства, так как после кончины свт. Кирилла Александрийского в 444 году на кафедру Александрии вступил его фанатичный племянник Диоскор. Пользуясь покровительством императора Феодосия II и видя в блж. Феодорите одного из главных идейных врагов, он повел против него интриги. Сначала указом императора в 448 году епископ Кирский был фактически заключен под домашний арест с запретом покидать епархию, а в 449 году Диоскор провел в Ефесе так называемый Разбойничий собор, на котором блж. Феодорита, даже не пригласив для ответа, заочно низложили по разным надуманным обвинениям. Он был отправлен в ссылку в один из монастырей в Апамее. Но после кончины Феодосия II и вступления в 450 году на трон православного императора Маркиана был созван Халкидонский IV Вселенский Собор 451 года, утвердивший учение о двух природах во Христе и низложивший Диоскора и Евтихия. На нем блж. Феодорит был восстановлен в епископском сане, а затем после произнесения анафемы на Нестория (произнесенной, правда, не без колебаний) здесь же, на Соборе, был принят в церковное общение как православный архиерей. После этого практически никаких сведений о жизни престарелого Кирского епископа мы не имеем и можем лишь предположить, что он вернулся на кафедру в Кир и закончил свои дни в служении Богу и народу Божиему. Кончина его приходится, по разным предположениям, на 457–466 годы.
Мы не будем касаться всех сторон жизни и деятельности блж. Феодорита, поскольку они хорошо освещены в вышеупомянутых русскоязычных работах, а остановимся лишь на его деятельности как экзегета. По мнению прот. Георгия Флоровского, «Феодорит принадлежит к числу самых замечательных экзегетов древности»[9]. Как замечают К. Морескини и Э. Норелли, «Феодорит совмещал экзегетические и теологические интересы, и вдобавок к этому он основывал свое богословское мышление на экзегезе»[10]. Й. Кастен считает, что, «хотя Феодорит не претендовал на оригинальность, его экзегетические произведения находятся в числе ярчайших образцов Антиохийской школы»