После войны Афанасьев приказом Наркома вооружения был переведен в Москву в Главное техническое управление Наркомата, переименованного позже в Министерство вооружений.
Там-то министр Дмитрий Фёдорович Устинов и назначил молодого заместителя начальника главного технического управления ответственным за запуск в серийное производство ракеты на заводе в Днепропетровске.
Двигатель ракеты, близкий конструктивно мотору ракеты ФАУ-2, как на стенде в Химках, так и на лётных испытаниях ракеты, работал без замечаний, но взрывался на контрольно-технологических испытаниях в Днепропетровске.
По программе серийного производства Днепропетровский завод сделал даже несколько ракет, но оснастить их моторами не было никакой возможности. Начать серийное производство изделий, как в целях секретности придумали называть ракеты, никак не удавалось. А слово «изделие» так прижилось в лексиконе, что очень скоро стало синонимом слова «ракета», полностью сводя на нет все усилия по засекречиванию.
В Днепропетровске собирали двигатели даже из деталей и узлов, сделанных в Химках. Но моторы упорно не желали работать.
Афанасьев сидел в своём маленьком кабинете в глубоком раздумье над тем, что ещё следует предпринять для доводки двигателя. Он только что вернулся из Химок с бывшего авиационного завода N84, который в июле 1946 года был передан Валентину Петровичу Глушко под опытное производство ЖРД. Напряжение было столь велико, что мысли постоянно переключались с чисто технических проблем к возникшему некоторое время назад и постоянно нараставшему ощущению опасности.
Афанасьев вдруг непроизвольно вспомнил, что перед принятием этого решения, Сталина спросили:
– Будем возвращать в Химки авиазавод из Ташкента?
– Нет, – ответил Иосиф Виссарионович. – Пусть остаётся в Ташкенте, поднимает культуру местного населения.
В Химках Афанасьев встретился с главным конструктором Валентином Петровичем Глушко:
– Валентин Петрович, что будем делать с двигателем? В Днепропетровске двигатель не работает.
Глушко по возрасту был старше Афанасьева, как один из основоположников ракетного двигателестроения в Советском Союзе пользовался непререкаемым авторитетом и уважением конструкторов-ракетчиков. Поэтому Афанасьев вынужден был вести беседу с ним на почтительных тонах, не прибегая к резким выражениям и оборотам речи, которым он быстро научился, поработав в министерстве, и которые он допускал в общении со многими директорами заводов.