Первая большая эпидемия чумы случилась на Руси в XIV в. В 1350—1352 гг. (даты летописных источников разнятся) черная смерть пришла из Балтики в Псков и Новгород, затем быстро распространилась дальше по русским землям. Смертность была огромной. Некоторые города вымерли полностью (Глухов, Белоозеро). Как сообщает Новгородская летопись, в Пскове попы не успевали отпевать покойников по одиночке. Последующие десятилетия века также отмечены «великим мором».
XVII век отмечен самой масштабной эпидемией чумы в России (1654—1655 гг.). В июне 1654 г. чума была занесена в Москву, более 30 человек умерли скорой смертью. К концу лета болезнь распространилась далеко за пределы столицы, охватив почти всю центральную Россию. В XVII веке чума унесла от трети до половины населения центральной части страны; точное количество жертв неизвестно, цифры в разных источниках колеблются от 300 до 800 тыс. человек.
Третья большая эпидемия чумы в России разразилась во время русско-турецкой войны. В декабре 1770 г. чума была завезена в главный военный госпиталь Москвы и затем быстро охватила весь город. По велению императрицы Москва и близлежащие населенные пункты были закрыты на карантин, что и помогло предотвратить общенациональную эпидемию.
В зачумленной Москве смертность была очень большая, особенно летом – вымирали целые улицы. Точные цифры количества жертв привести сложно, но сама Екатерина в одном из писем за границу сообщала, что чума в Москве унесла более 100 тыс. жизней.