Особое недоумение у почитателей вызывало отношение матушки Алипии к бывшему тогда киевскому митрополиту Филарету. Она неоднократно предсказывала, что он заберет храмы, что будет раскол. Когда «митрополит» Филарет служил в Вознесенском храме, матушка Алипия при всем народе громко обличила его: «Славен, славен, а мужиком умрешь». То есть дала понять, что с него снимут сан и монашество. Одной монахине она сказала, чтобы передала всем своим знакомым, что будет раскол и истинная церковь будет в поругании, но «спасение только в канонической православной церкви».
Особой болью матушки Алипии была чернобыльская катастрофа, которая в течение года перед трагедией волновала ее душу и подвигала к усиленному молению. Она неоднократно говорила о том, что будет трагедия. Она называла ее пожаром, говорила, что затравят землю, воду, воздух, что она случится на Страстной неделе, что это произойдет в Полесской стороне. Говорила о том, что «атом идет на Киев». От всего сердца она молилась, чтобы Господь ослабил последствия трагедии. По некоторым
свидетельствам Матушка обходила Киев с молитвой, ограждая его от смертоносного действия радиации. Но всему этому надлежало быть. Однако трагедия не уничтожила многомиллионный мегаполис Киев, он остался живым городом, а не городом-призраком, каким стали другие города, расположенные вблизи Чернобыльской атомной станции. Смертоносное радиационное облако было отнесено в сторону от Киева. Когда произошла катастрофа, Матушка говорила: «Живу болями других». В тяжелые для народа дни Господь послал матушку Алипию для прекращения паники, для утешения и спасения от невидимой смерти. Матушка не благословляла уезжать, убеждала обратиться к Богу и осенять пищу крестным знамением, кушать все и ничего не бояться, уповая на Господа.
Люди могут сомневаться в истинном благочестии того или иного подвижника, но отнюдь не диавол, которому не понаслышке известна благодать Святого Духа, которую дарует Господь своим верным рабам. Зная силу молитвы и чудотворений матушки Алипии, он ополчался на нее со страшной ненавистью. Однажды девочка видела, как матушка Алипия боролась со страшным мужчиной в овраге. Ее бабушка, стоявшая рядом, видела только Матушку, которая боролась с кем-то невидимым. Также другая девочка-подросток, которая была свидетелем явления Божией Матери в келии матушки Алипии и которой старица предсказала многие события ее жизни, была свидетельницей нападения нечистой силы на Матушку: кочерга и веник в чьих-то невидимых руках, сами собой, с силой избивали Матушку по голове и плечам. Также и келейница, придя к Матушке, застала ее однажды избитой. На вопросы старица ответила, что враг явился ей и бил о камень. Ночью он являлся в образе стучавших в двери людей и после крестного знамения, которым старица осеняла двери, начинался страшный стук, свист и гул.