Испания XVI в. совершенно не походила на единую нацию. Филипп II был королем трех независимых государств – Кастилии, Арагона и Наварры: каждое со своей формой власти, традициями, языком и культурой. Филипп управлял каждым из них независимо от других, более всего концентрируя внимание на Кастилии – самом богатом, крупном и наиболее влиятельном из них. В Кастилии проживало около 7 миллионов человек, в то время как в Арагоне и Наварре вместе едва набиралось больше миллиона. Более того, Кастилией было проще всего управлять. Знать Кастилии была богата и социально сильна, но совершенно ленива в политике. Корона освобождала их от налогов и подтверждала их право на владение крупным производством. Получая в обмен полное одобрение королевской власти, благородные идальго, тоже освобождавшиеся от налогов, были верными слугами короны. Коррехидоры Филиппа, представители короля, которые следили за управлением 66 кастильских городских советов, происходили из класса идальго. Кастильский кортес (парламент) был очень слаб. Только 18 городов присылали своих представителей, а знать и клерки были исключены из его состава. Филипп созывал парламент, чтобы собрать налоги, однако не давал разрешения депутатам менять законодательство. С другой стороны, в Арагоне знать представляла собой значительную политическую власть и парламент был более независимым. Филипп не трогал арагонскую знать, редко собирал парламент и избегал просить денег – небольшие суммы могли быть выжаты из Арагона и без этого. Итальянские подданные не могли дать большого дохода, в Голландии подданные отказывались помогать. Король зависел от серебра из Америки, но главный удар по власти Филиппа был нанесен доведенными до крайней нищеты крестьянами Кастилии.
Распадающаяся Испанская империя была скреплена при помощи усиления бюрократизма. Король разослал своих наместников, преимущественно из кастильской знати, управлять дальними землями. Каждый наместник отвечал перед контролирующими советами в Мадриде – советами Италии, Фландрии, Индий. В каждом совете трудилось от 6 до 19 кастильцев, назначенных королем для управления законодательными, юридическими и религиозными делами на их территории. Также существовали советы Кастилии, Арагона и советы, занимающиеся каждодневными потребностями страны: военный совет, финансовый и совет инквизиции. Сам король редко посещал эти советы, но он просматривал все их решения и часто отвергал их. Только у него в руках находилась вся информация – настолько полная, насколько позволяла почтовая система, – со всех уголков его владений по каждому делу. Многие шутили по поводу медлительности испанского правительства и слишком неторопливого способа ведения дел. И в самом деле, тщательно продуманная бюрократическая система Филиппа исключала быстрые решения. Но, сталкивая министров и служащих между собой, король предотвратил саму возможность появления взяточничества и коррупции и заодно укрепил свою власть. Филипп был полноправным хозяином Испании.