В 1898 году Алленби перешёл в Третью кавалерийскую бригаду, расквартированную в Ирландии; и в 1899 году вновь отправился в Африку, где началась англо – бурской война (1899–1902 годов), когда против власти Великобритании восстали республики Трансвааль и Оранжевая. Эскадрон Эдмунда Алленби успешно действовал против свободолюбивых буров, за что его командир был досрочно произведён в подполковники и полковники.
Алленби вернулся в Англию в 1902 году и принял командование отборными кавалерийскими частями. С 1905 года до 1910 год Алленби командовал 4-ой кавалерийской бригадой. После этого, учитывая его большой опыт в кавалерии, Алленби назначили инспектором кавалерии.
Начало Первой мировой войны генерал Эдмунд Алленби встретил командиром кавалерийской дивизии британских экспедиционных войск (численностью в полторы дивизии) во Франции.
В 1915 году Алленби командовал пятым корпусом во втором Ипрском сражении. В следующем году Алленби производится в генерал-лейтенанты и становится командующим 3-й армией. Во время подготовки операции на реке Сомма в июле – ноябре 1916 года армия Эдмунда Алленби должна была прикрывать с севера 4-ю британскую армию сэра Генри Роулинсона, наносившую главный удар по германским позициям.
В 1917 году во время апрельского наступления союзных войск армия генерал-лейтенанта Эдмунда Алленби, имевшая 10 дивизий в первом эшелоне и 3 – во втором, около 2800 орудий (в том числе 989 тяжелых), 300 самолетов и 40 танков, сумела овладеть первой оборонительной позицией германской 6-й армии генерала Людвига фон Фалькенгаузена. Этому успеху во многом способствовал мощный артиллерийский обстрел неприятельских позиций в течение четырех дней и газовая атака. Но дальше развить наступление Алленби не смог, хотя канадские войска, входившие в состав 3-й армии, после трехчасового боя в первый день операции взяли важный стратегический район хребта Вимми (Вими). Алленби был смещён с командования, так как в сражении не использовал прорыв для продвижения.
Из-за больших потерь запланированное широкомасштабное наступление союзному командованию пришлось остановить. В кровопролитном сражении на реке Сомме большую роль сыграли британские танки, которые секретно были доставлены морем на фронт. Их появление в бою оказалось большой неожиданностью для германцев, которые не были готовы к ведению противотанковой борьбы.