В 1788 г., согласно документам, именно от Донаурова парк перешел в собственность барона Людвига Николаи, который дал парку название «Монрепо». С бароном Николаи Донауров взаимодействовал и впоследствии. Барон был членом Кабинета Павла I, которым управлял Донауров. В конце 1790-х – начале 1800-х гг. М.И. Донауров курировал строительство здания Императорской публичной библиотеки. В это время президентом Библиотеки Академии наук, в которой хранились поступающие из-за границы книги для будущей библиотеки, был Людвиг Николаи.
С 1789 г. М.И. Донауров исполнял обязанности секретаря и библиотекаря великого князя Павла Петровича, служил в чине подполковника в его гатчинских войсках. 8 ноября 1796 г. пожалован в генерал-майоры[20]. 28 мая 1797 г. Донауров получил в управление Кабинет его величества, занимаясь ведением финансовых и хозяйственных дел. 18 марта 1798 г. произведен в тайные советники с оставлением в должности управляющего Кабинетом, а в следующем, 1799 г. – и в действительные тайные советники. В конце 1799 г. уволен от должности по собственной просьбе[21].
Уже при Александре I, 20 апреля 1801 г., М.И. Донауров вновь принят на службу и назначен сенатором. С 1802 г. – член советов в Воспитательном обществе благородных девиц и в Петербургском училище ордена Св. Екатерины. 2 декабря 1802 г. по болезни уволился от присутствия в Сенате до 1808 г.[22].
С 1809 г. по инициативе императрицы Марии Федоровны Донауров возглавил Опекунский совет над имуществом Шереметевых при малолетнем князе Дмитрии, сыне Н.П. Шереметева и крепостной актрисы П.И. Ковалевой (Жемчуговой).
М.И. Донауров – кавалер орденов Св. Александра Невского, Св. Анны I степени, Св. Иоанна Иерусалимского и Св. Владимира IV степени.
В 1795 г. женился на Марии Федотовне Веригиной (1774–1848), дочери генерал-майора, выпускнице Смольного института. За заслуги мужа 22 июля 1804 г. ее наградили орденом Св. Екатерины (малого креста) и пожаловали в статс-дамы[23].
М.И. Донауров имел в Казанской губернии 2200 душ крестьян, в Санкт-Петербургской губернии – 553 души[24].
Последние годы жизни М.И. Донауров жил вместе с семьей в Шереметевском дворце, где умер 21 октября 1817 г. и похоронен на Волковом православном кладбище. В этой же могиле в 1848 г. похоронена его вдова – М.Ф. Донаурова.