В процессе развёртывания музыкальной драматургии оперы функционируют варьируемые темы, ритмо-интонационные тематические комплексы, «ритмические персонажи» и звуковые символы, которые характеризуют изменения психологических состояний героев, раскрывают и комментируют эмоционально-психологический подтекст происходящего, а также выступают в качестве основополагающих смысловых элементов оперы, определяют её интонационный строй. Многоуровневая система интонируемого смысла основана на сосуществовании и взаимодействии четырёх образно-смысловых интонационно-драматургических сфер, обобщающих уровни развития синтетического вокально-симфонического целого. В музыкальной драматургии «Диалогов кармелиток» можно условно выделить сферу благодати Святого Духа и передачи благодати от одного человека к другому, сферу социальных трансформаций, сферу метафизической тревоги и страха смерти и литургическую сферу.
Музыкальными характеристиками главных героинь оперы являются варьируемые темы Бланш, Констанции, новой настоятельницы монастыря – госпожи Мадлен Лидуан – и её помощницы – матери Марии от Воплощения Сына Божия. Определённую семантическую функцию выполняют темы, которые можно условно обозначить следующим образом: тема мирной обители, тема монашеского послушания и тема надежды на спасение. Названные темы репрезентируют в опере отдельные стороны реальной духовной жизни.
К варьируемым тематическим образованиям оперы относятся элементы, которые условно можно обозначить как мотив креста, тема смерти, тематический комплекс страха, интонационно-тематические комплексы благодати Святого Духа и передачи благодати, тема святых и мучеников, тема послушания матери Марии, тематический комплекс экзистенциальных вопросов и молитвенных обращений к Богу, тема метафизической тревоги, тема социальных трансформаций и другие.
Наряду с варьируемыми тематическими комплексами в музыкально-драматургическом развитии оперы функционируют инвариантные тематические элементы, принимающие активное участие в развёртывании музыкального смысла. Например, мотив прощания Шевалье и Бланш; тема активных действий матери Марии; тема дарованных привилегий Пресвятой Девы Марии Кармельской, а также тема, которую композитор назвал «voeu de martyre» («обет мученичества»).
Образно-семантические, формообразующие функции симфонического обобщения/«обобщения через жанр» (А. Альшванг) в произведении выполняют такие интонационные структуры, как тема святых и мучеников, ассоциируемая с жанром колыбельной песни, и французская массовая песня