Эту же жизнь показали первые рассказы Чапыгина, когда в 1903 году он при поддержке Н.К. Михайловского и В.Г. Короленко заявил о себе как литератор.
Позднее публикуется сборник «Нелюдимые» (1913), появившийся после того, как Чапыгин, вкусив городской жизни, надолго уехал на родину, в Поонежье. Новый цикл рассказов связан с жителями каргопольских лесов – крестьянами, охотниками, таежниками.
Наряду с изображением острых социальных коллизий, переживаемых героями, живущими под гнетом мироедов, Чапыгин раскрывает большую и относительно новую для русской литературы тему – человек и природа; охотник и дикий зверь. Природа почти всегда выступает в прозе Чапыгина как сила, противостоящая человеку. И сам человек в противостоянии с нею порой становится как дикий зверь. Жизнь в единоборстве с природой делает его сильнее, закаляет, но и ожесточает.
С этим богатым и во многом новым для русской литературы материалом связаны наиболее крупные предреволюционные сочинения Чапыгина – повести «Белый скит» (1912) и «На Лебяжьих озерах» (1918).
Герой «Белого скита» Афонька Крень – характер, который так или иначе всю жизнь привлекал писателя. Этот персонаж – борец, искатель правды, человек смелый, решительный, идущий в бой с душой нараспашку и в то же время ослепляемый яростью, наивный, беспомощный перед коварством и предательством.
Этот же человеческий тип, но будто раздвоившийся, изображен Чапыгиным в повести «На Лебяжьих озерах», события которой развертываются на фоне предреволюционной русской жизни. Один из персонажей – охотник Ваган, живущий в согласии с природой, чувствующий в себе ее силу, кроткий искатель правды, чистая и светлая душа. Другой – Петруха Цапан, беглый каторжник, не дающий себя обмануть, мстящий за свои несчастья и обиды. В сопоставлении этих характеров писатель хотел выразить сложности национальной психики, показать с разных сторон крестьянскую среду и культуру.
После Октябрьской революции Чапыгин становится в ряды работников новой литературы, новой культуры. В эти годы он много сил отдает созданию двух книг автобиографического характера – «Жизнь моя» (1929) и «По тропам и дорогам» (1930), где рассказывает о своей биографии – начиная с детства и до своей писательской работы в предреволюционное время.
Тем не менее особое значение для автора в последние два десятилетия жизни приобретает работа в исторической прозе. Событием, имеющим большое значение для отечественной литературы, стало создание выдающегося произведения – эпопеи о восстании казаков и «голытьбы» «Разин Степан».