Об этих первых годах он пишет: «Я бродил по обширным луговым пространствам Илека, по окрестным степям и рощам, я проводил ночи на берегах многочисленных там озер и лиманов, я посещал непролазные топи и болота и всюду наблюдал за деятельностью, неугомонною, бурною жизнью вечно беспокойных птиц, и теперь с каким удовольствием вспоминаю тот свободный воздух, которым дышать мне никто не мог помешать, с какой ясностью возобновляется в моей памяти то высокое чувство свободы и воли, которым я наслаждался, бодро шагая по просторной степи, по барханам и лугам. Много скучных месяцев пройдет моей тусклой, бесцветной учительской деятельности, много раз с тоской буду вспоминать минувшие, настоящей жизнью кипевшие дни, пока опять поведу их так, как привык с давних пор, а не как велят мне другие».
В это время у него уже была большая коллекция птиц, и своей страстью коллекционирования он заразил и некоторых своих товарищей по корпусу. Один из этих сослуживцев тоже собрал порядочную коллекцию птиц, но меньше в них понимал. Случалось, что ему попадался какой-нибудь редкий экземпляр. Тогда Зарудный устраивал мену на какую-нибудь редкость из своей коллекции, а редкость эту приготовлял собственноручно. Например, к туловищу трясогузки пришивал голову овсянки и выдавал это свое произведение за помесь трясогузки с овсянкой. Сослуживец охотно менял свой экземпляр на такую «редкость».
Уже в 1881 году Зарудный публикует первую статью в московском журнале «Природа и Охота» – «Наблюдения над птицами в окрестностях Оренбурга», в которой на 45 страницах приводит данные по 151 виду, главным образом фенологические. Всего за первые четыре года публикует в этом журнале шесть статей, в том числе по содержанию птиц и корсака в неволе. В 1884 году продает коллекцию птиц в Зоологический музей Императорской академии наук, а рукопись монографии «Орнитологическая фауна Оренбургского края» передает профессору М. Н. Богданову, с которым состоял в переписке с 1883 года. Рукопись опубликована в 1888 году, уже после смерти М. Н. Богданова, и вышла под редакцией Ф. Д. Плеске, заведующего в то время орнитологическим отделением Музея. В своём предисловии Ф. Д. Плеске, который также состоял с Зарудным в переписке с 1883 года, пишет: «Описание географического распространения и образа жизни птиц Оренбургского края составлено Н. А. Зарудным превосходно, так что его работа может считаться достойным продолжением и дополнением известного труда покойного проф. Эд. А. Эверсманна «Естественная история Оренбургского края»».