Борис до 11 лет учился в Златоусте и жил в доме бабушки и тетки Людмилы Кузьминичны, которая работала учительницей в начальной женской школе. Она и стала его первым воспитателем и учителем, привившим любовь к книгам. Этому способствовало и то, что дядя Бориса, Владимир Кузьмич, уезжая на новое место жительства, предоставил ему отдельную комнату и библиотеку, в которой преобладали книги русских классиков. «Книги я читал запоем, – вспоминал позже Борис Михайлович. – С трудом можно было отправить меня во двор или на улицу, чтобы подышать свежим воздухом, – не мог расстаться с интересной книгой». Так как в это время родители Бориса по роду работы его отца жили на заводе в сорока километрах к западу от Златоуста, то он появлялся в Петропавловском заводе ненадолго только во время каникул. Однако и эти кратковременные наезды оставили у него яркие впечатления. Ему хорошо запомнились бедные башкирские деревни вокруг завода, башкирский национальный праздник, на который брал его иногда с собой отец, приглашаемый крестьянами окрестных деревень. Праздник ярко запечатлелся в памяти мальчика национальной борьбой, скачками, танцами. Общение с местными крестьянами и их детьми позволило ему немного усвоить башкирский язык. Знание этого языка принесло ему немалую пользу впоследствии, когда он нес воинскую службу в Туркестане.
В 1893 году Людмила Кузьминична вышла замуж за достаточно богатого купца Лабутина, который имел свои магазины и склады в городе Кургане. Бабушка и она сама должны были переезжать в этот город. Борис же поступил в Красноуфимское промышленное училище, которое давало среднее специальное образование, да и оплата за учебу здесь была значительно ниже. В то время, по признанию Бориса Михайловича, семье Шапошниковых приходилось строго планировать свои доходы и расходы.
В то время Красноуфимск был небольшим уездным городом, расположенным на реке Уфа с населением пять тысяч человек. По своему виду он больше напоминал большое село. Но так как в Красноуфимске был небольшой фосфорный завод, то местная администрация имела достаточно средств для того, чтобы содержать промышленное училище, имевшее шесть классов с программой реального училища. После его окончания выпускники могли поступать на горное или сельскохозяйственное отделения, которые были открыты при этом же училище. Учащиеся жили на частных квартирах, и Борис поселился на квартиру к женщине, у которой проживало еще девять учеников.