Но Тимошенко, являясь воспитанником Первой конной армии, хорошо помня сложности войны с финнами, оставался сторонником наступательной доктрины и в масштабах всего государства. Это выразилось во взглядах наркома на будущую войну, способы и средства ее ведения. Началась организационная перестройка войск, был взят курс на создание мощных танковых формирований для развития успеха в глубину вражеской территории – 29 механизированных корпусов по 1036 танков каждый, воздушно-десантных корпусов и сильных по составу артиллерийских частей резерва Главного Командования. Концентрация танков и артиллерии в высших окружных (фронтовых) инстанциях происходила за счет ослабления дивизий и полков, на которые легла основная тяжесть обороны в начале Великой Отечественной войны, и это был один из просчетов Тимошенко, за который пришлось заплатить дорогой ценой.
Смена наркома обороны повлекла за собой и другие перемещения среди высшего военного руководства, которые если не инициировал, то, безусловно, санкционировал Сталин. В августе 1940 года начальником Генерального штаба становится также участник войны с Финляндией генерал армии К.А. Мерецков. Видя слабость расположения советских войск у западной границы по существовавшим в то время наступательным планам войны, он спланировал и провел штабную игру, в ходе которой генерал Г.К. Жуков, игравший за «синих», разгромил «красные» войска генерала Д.Г. Павлова в Белостокском выступе. Это очень не понравилось Сталину, и Мерецков был отстранен от управления Генеральным штабом.
Новым начальником Генерального штаба в январе 1941 года назначается герой Халхин-Гола генерал армии Г.К. Жуков. До начала Великой Отечественной войны остается менее пяти месяцев. Генеральный штаб лихорадит. Столь частая смена начальников высшего планирующего органа вооруженных сил, безусловно, не пошла на пользу обороноспособности страны и не исключено, что стала одной из причин достижения Германией внезапности при нападении на СССР в июне 1941 года. Ни нарком С.К. Тимошенко, ни начальник Генерального штаба Г.К. Жуков не посмели направить в округа и армии директиву о приведении войск в боевую готовность ввиду угрозы нападения Германии, которая для них была очевидной. В тех условиях они не смели и не имели права принимать столь ответственные решения без санкции Сталина.