23 сентября 1749 года состоялось первое из 29 заседании, посвященное детальному разбору диссертации Миллера. В этот день выступил Ломоносов, который предложил Миллеру читать свое сочинение и тут же обсуждать ее. Кроме этого, Ломоносов сразу же пообещал опровергнуть все построения Миллера и доказать происхождение русов от роксалан[130]. Это мнение Ломоносов бесспорно взял из киевского «Синопсиса», который утверждает: «От тех же Сарматских и Славенороссийских… той же народ Российский изиде, а от него неци нарицахуся Россы, а иные Алане, а потом прозвашася Роксолане»[131].
28 сентября канцелярия Академии наук приняла решение уничтожить уже отпечатанные экземпляры речи Миллера[132]. Уже переплетенные книги были расброшюрованы, а некоторые листы перенабраны и перепечатаны. В свет вышла только ода Ломоносова. Это, по всей видимости, является отражением решения отменить выступление Миллера и передать право на торжественную речь профессору Рихману. Вероятно, это мыслилось окончанием дела, однако 18 октября того же года Ломоносову пришло указание канцелярии до 23-го числа составить возражения на диссертацию Миллера, что им и было сделано. Это второй, более расширенный репорт, в котором Ломоносов подробно излагает свою позицию. Именно в нем впервые появились некоторые, позднее широко распространенные идеи и представления.
23 октября началось чтение возражений Ломоносова в Историческом собрании, которые продолжились 24, 26, 27, 30 октября и 3 ноября. Еще три дня, 6, 7 и 9 ноября, продолжалось уже обсуждение диссертации Миллера[133]. После этого Ломоносов исхлопотал себе освобождение от участия в заседаниях и продолжал следить за ходом дискуссии дома. Значительная часть дебатов прошла без него. В декабре заседания были прерваны из-за болезни Миллера и возобновились уже в марте 1750 года – 1, 2, 5 и 6 марта, на которых Ломоносов присутствовал.
На этом спор вокруг диссертации завершился без особых последствий, однако чуть позже он подвергся административному взысканию. 20 июня 1750 года Миллер был уволен с поста ректора университета под предлогом скорейшего окончания сибирской истории, которая предусматривалась его контрактом историографа. Вместе с этим ему было вменено в обязанность читать ежедневные лекции по истории. Миллер попытался оправдаться тем, что ему необходима подготовка, но это его прошение осталось без последствий.