Одновременно западное духовенство[2] начало преследовать славянских церковнослужителей. Мефодия схватили, бросили в темницу и подвергли жестоким пыткам[3].
Результатом насилий немецких феодалов и западного духовенства стало восстание, вспыхнувшее в конце 871 г. под руководством священника Славомира. Тогда рыцари вспомнили о князе Святополке, томившемся в застенках одного из немецких замков. Его освободили и поставили во главе немецкого войска, снаряженного для подавления восстания в Великоморавской державе. Но немцы просчитались – Святополк перешел на сторону восставших, помог славянам разбить немецкое войско и вновь занял княжеский престол. Правил он до своей смерти в 894 г.
Святополк сразу же освободил из тюрьмы Мефодия, который вместе с многочисленными учениками продолжил свою духовную деятельность в Великоморавском государстве. Однако князь Святополк оказывал недостаточную поддержку восточному духовенству в его борьбе с папистами. После смерти Мефодия в 885 г. его ученики были изгнаны из Моравии и нашли убежище в Болгарии.
После смерти Святополка его сыновья начали борьбу за власть. В результате чешские земли попадают под власть германского князя Арнульфа. В 906 г. венгры завоевывают словацкие земли, составлявшие значительную часть Великоморавской державы. Словаки попали под власть венгерских феодалов и на целое тысячелетие оказались оторванными от чешского народа.
Падение Великоморавского государства кардинально изменило ход развития западных славян. Как писал известный историк С.М. Соловьев: «Разрушение Моравской державы и основание Венгерского государства в Паннонии имели важные следствия для славянского мира. Славяне южные были отделены от северных, уничтожено было центральное владение, которое начало соединять их, где произошло столкновение, загорелась сильная борьба между Востоком и Западом, между германским и славянским племенем, где с помощью Византии основалась славянская церковь. Теперь Моравия пала, и связь славян с Югом, с Грециею, рушилась: венгры стали между ними, славянская церковь не могла утвердиться еще, как была постигнута бурею, отторгнута от Византии, которая одна могла дать питание и укрепление младенчествующей церкви. Таким образом, с уничтожением самой крепкой связи с востоком, самой крепкой основы народной самостоятельности, западные славяне должны были по необходимости примкнуть к западу и в церковном, и в политическом отношении. Но мало того, что мадьярским нашествием прекращалась связь западных славян с Византиею, прекращалась также и непосредственная связь их с Римом, и они должны были принимать христианство и просвещение из рук немцев, которые оставались для них теперь единственными посредниками. Этим объясняется естественная связь западных славян с Немецкою империею, невозможность выпутаться из этой связи для государственной и народной независимости»