С момента образования гардемаринов они не имели определенной военной формы. Историк Ф. Ф. Веселаго писал, что форма, по всей видимости, была матросская, так как при первом практическом плавании летом 1716 г. было отмечено: «Им роздали такие же парусиновые „бостроки“ как матрозам». Только в мае 1723 года указом Петра I было постановлено гардемаринам иметь форму «во всемъ» сходную с лейб-гвардии Преображенским полком, то есть: кафтаны темно-зеленые, у кафтанов воротники и обшлага, и также камзолы и штаны красные, а шинели василькового цвета. Гардемарины имели шпаги с золочеными эфесами и ружья. Такая форма просуществовала до момента преобразования Академии в Морской шляхетный кадетский корпус в 1752 г.
В строевом отношении гардемарины составляли роту по образцу Гвардейской сухопутной роты. Кроме рядовых гардемаринов, в ней находились сержанты, каптенармусы, фурьеры и капралы. Одно время были унтер-фендрики, называвшиеся потом подпрапорщиками. В унтер-офицерские чины назначались гардемарины «хорошей нравственности» и «обучающие высшие науки». Кроме каптенармуса, ответственного за хранение вещей и обмундирования гардемаринов, другие унтер-офицеры по форме ничем не отличались от рядовых гардемаринов. В полном составе Гардемаринская рота практически никогда не пребывала: летом все были на практике на кораблях, а зимой в портах, где зимовали корабли. Тем не менее обязательным условием обучения гардемаринов было дальнейшее получение теоретических знаний, для чего они имели занятия с учителями Академии.
В первые годы существования Морской академии финансирование ее деятельности было все же недостаточным. Так, А. А. Матвеев 2 мая 1717 г. жаловался Сенату на «неописанную скудость денег» и «несказанные трудности», так как от Адмиралтейства «кроме доброго „нета“ никакого положительного довольствия не получается». В результате школьники Морской академии снимали углы по окраинам, где подешевле, и даже на другом берегу Невы.
Решая множество государственных проблем, Петр I уделял внимание и Академии. Так, 2 ноября 1717 г., сразу по возвращении из-за границы, он распорядился выдать деньги «в Морскую академию на содержание школьников» из соляного сбора, то есть из дополнительных средств, не идущих на содержание армии (подушные сборы) или флота (питейные и таможенные сборы). В результате этого малообеспеченные воспитанники стали получать ежемесячно по 1 рублю, а при переходе в обучении из «цифири в геометрию» – еще по полтине в месяц. В меркаторской навигации им прибавляли по 2 руб. с полтиною, а в круглой навигации – по 3 руб. человеку на месяц. В 1718 г., реализуя повеление Петра I о том, что «Академический двор, что был Кикина, достроить», здание Кикиного двора стали расширять и к Академии пристроили несколько мазанок, в которых разместили малолетних учеников Академии.