Параграфами нового Устава Морского кадетского корпуса были также регламентированы правила и порядок приема в учебное заведение на казенное содержание, «своекоштными» и «стипендиатами». Существовало 7 стипендий, на основании которых могли быть приняты в Корпус сыновья малообеспеченных флотских офицеров или потомственных дворян:
1. Ханькоусская (в честь епископа Пекинской епархии Зарубежной церкви Ионы Ханькоусского), имени Его Императорского величества великого князя генерал-адмирала Алексея Александровича;
2. Финляндская, имени великого княжества Финляндского;
3. Нахимовская, имени адмирала Нахимова;
4. Нахимовская и Корниловская, имени адмирала Нахимова и генерал-адъютанта вице-адмирала Корнилова;
5. Имени отставного капитан-лейтенанта Дурново;
6. Раненбургская, имени Раненбургского уездного дворянства;
7. Константиновская, имени Его Императорского величества великого князя генерал-адмирала Константина Николаевича.
Среди выпускников данного периода «Гнезда Петрова» можно выделить будущих полярных исследователей – участников Русской полярной экспедиции Академии наук под руководством барона Э. Толля: Н. Н. Коломейцева (выпускник 1887 г.), А. В. Колчака (выпускник 1894 г., первый по успеваемости), Ф. А. Матисена (выпускник 1897 г.). При этом А. В. Колчак был в течении 7 месяцев в звании лейтенанта руководителем экспедиции Академии наук по поиску пропавшей части экспедиции барона Э. Толля в Северном Ледовитом океане и нашел ее следы на острове Беннетта.
Морской кадетский корпус в эпоху императора Николая II
20 октября 1894 года императором России стал Николай II (хотя коронация состоялась только 14 мая 1896 года).
24 января 1896 года император посетил Корпус в форме капитана 1 ранга. Вечером того же дня он записал в своем дневнике: «Везде чистота отличная. Замечательное симпатичное заведение!»
4 мая 1896 года директором Морского кадетского корпуса был назначен контр-адмирал Александр Христианович Кригер. По свидетельству современников, офицеров и воспитанников, все 5 лет его руководства Морским кадетским корпусом прошли в основном под знаком дезорганизации учебно-воспитательной работы и резкого падения дисциплины. Выпускник Корпуса капитан 2-го ранга В. В. Романов через много лет вспоминал: «Воспитанники, при всем желании, не могут вспомнить о нем ничего ни хорошего, ни плохого. Они просто его не знали, а если изредка видели – то лишь на официальных парадах, либо в коляске на Островах или в Михайловском театре».