Распоряжением адмирала А. В. Колчака во Владивостоке был также сформирован Специальный учебный отряд кораблей Морского училища. В его состав входили канонерская лодка «Манджур», миноносец «Смелый», посыльное судно «Якут» и два ледокола – «Улисс» и «Диомид». В декабре того же года (1918) во Владивосток вернулись из-за границы миноносцы «Бойкий» и «Грозный», а также вспомогательный крейсер «Орел», которые сразу же были включены в состав судов Учебного отряда.
На первых порах в Морском училище занимались по конспектам, так как учебников не было. Позднее в Шанхае удалось наладить печатание некоторых учебников и таблиц логарифмов. Практические занятия проводились в богато оборудованных портовых мастерских.
Младшую роту Училища летом 1919 года отправили на практические занятия на канонерской лодке «Манджур». Гардемарины старшей роты в начале лета 1919 г. после экзамена были произведены в старшие гардемарины и ушли в плавание на север на судах Учебного отряда. На посыльном судне «Якут» (командир старший лейтенант Корнеев, штурман лейтенант Рыбин) находились 45 человек, на ледоколе «Улисс» (командир старший лейтенант Винокуров, штурман лейтенант Цветков) и «Диомиде» (командир лейтенант Иванов, штурман мичман Троян) – по 35 человек, и 3 человека на шхуне «Тюлень», всего 118 человек.
В 1919—1920 учебном году был расширен штат Училища – образована 3-я рота. Набор состоял из кадетов сухопутных корпусов и нескольких кадетов Морского корпуса, находившихся в Сибири. Были приняты 25 чехов в качестве автономного отделения 2-й роты, в большинстве своем бывшие студенты, пожелавшие изучить морское дело для будущего отечественного флота.
Однако к середине января 1920 года революционная обстановка во Владивостоке значительно осложнилась. Ввиду создавшегося критического положения командование приняло оперативное решение – эвакуировать весь личный состав и воспитанников Морского училища из Владивостока на кораблях Учебного отряда в Севастополь. Командующий морскими силами контр-адмирал М. А. Беренс приказал начальнику учебного заведения капитану I ранга М. А. Китицину сформировать также Отряд судов особого назначения из всех способных двигаться кораблей Сибирской флотилии. На кораблях созданного Отряда разместили около 500 морских офицеров Сибирской флотилии и членов их семей.