В августе 1942 г. в результате сложившейся обстановки на Южном фронте Училище было перебазировано из Астрахани в Баку на учебных кораблях «Правда» и «Шаумян». В Баку, на базе бывшего Каспийского Военно-морского училища, продолжилась напряженная учеба и подготовка новых кадров.
С 1942 по 1944 годы начальником Училища был капитан 1 ранга К. Д. Сухиашвили, а его заместителем по учебной части – А. П. Белобров. Среди преподавателей Гидрографического отдела – В. И. Зефиров, М. Н. Кирпичников, А. И. Швейцаренко, Г. А. Гладышев, В. М. Никитин. Приходили в Училище и новые преподаватели, выпускники прошлых лет, получившие опыт боевых действий. Программы непрерывно обновлялись с учетом требований и боевого опыта флотов.
10 декабря 1942 г. в Баку уже в составе ВВМУ им. М. В. Фрунзе состоялся выпуск курсантов-гидрографов, поступивших на первый курс ВВМГУ им. Г. М. Орджоникидзе в 1939 г. В распоряжение Военных советов флотов и флотилий было направлено 94 офицера-гидрографа. Среди них С. И. Вартаньян, Н. Я. Дорохов, А. Г. Евланов, Е. А. Калинин, М. К. Калюжный, В. С. Нариманов, И. П. Нарышкин.
10 мая 1944 года состоялся последний выпуск Училища военного времени, включая офицеров-гидрографов. С этим выпуском ушли на фронт гидрографы ленинградского набора 1940 г. В их числе были И. Г. Евланов, Б. М. Землянов, А. Е. Колодяжный, Д. Н. Князев, А. И. Судзиловский, Я. И. Сукеник.
6 июля 1944 года первая партия курсантов и преподавателей во главе с начальником Училища контр-адмиралом В. Ю. Рыбалтовским вернулись в Ленинград.
Летом 1944 г. часть курсантов-гидрографов возвратилась в Ленинград из Баку, а осенью в здание училища им. М. В. Фрунзе были переведены все курсы Гидрографического отдела, а также младшие курсы основного набора.
Осенью 1944 г. в Ленинграде Училище произвело свой очередной набор.
За время Войны 52 выпускника Училища были удостоены звания Героя Советского Союза.
Летом 1945 года Училище произвело первый послевоенный выпуск офицеров, включая гидрографов.
К осени 1945 г. в Училище было 3 основных курса по профилю «офицер корабельной службы» и 4 курса гидрографов. В декабре 1945 года Гидрографический отдел ВВМУ им. М. В. Фрунзе был преобразован в Гидрографический факультет. Начальником факультета был назначен Н. Н. Маркин, которого в 1950 г. сменил В. Д. Куликов.