14 сентября 1998 года (т. е. после назначения премьер-министром Примакова) Генпрокуратура России возбудила уголовное дело в отношении бывшего мэра Санкт-Петербурга А. Собчака. Дело было связано с махинациями строительной фирмы «Ренессанс», которой покровительствовал Собчак.
«Сам Собчак так вспоминает о первых шагах Путина в Москве: «Вскоре я узнал, что буквально в эти же дни в Москве президентом решался вопрос об утверждении в должности руководителя Федеральной службы безопасности моего бывшего первого заместителя В. Путина, который много лет работал вместе со мною.
Многим московским чиновникам и влиятельным лицам из президентского, правительственного и парламентского окружения очень не хотелось этого назначения. И тогда в ход пошел прием косвенной компрометации из-за отсутствия других компрометирующих материалов. Новый виток моего «дела» и связанной с этим кампанией клеветы и травли лучше всего характеризует политические нравы, царящие в стране, и состояние российских правоохранительных органов, используемых в качестве дубинки с политическим подтекстом»[100].
Бедного Собчака защищала его супруга, но так защищала, что сама попала под преследование. 28 октября 1998 года в отношении супруги экс-мэра Санкт-Петербурга Анатолия Собчака, депутата Госдумы Людмилы Нарусовой было возбуждено уголовное дело по статье «клевета». Такое решение принято по результатам проверки, проведенной Генпрокуратурой РФ в связи с утверждениями Л. Нарусовой о связях следователей по «делу Собчака» с криминальными структурами. Соответствующее заявление Л. Нарусова сделала после сообщения о том, что Генпрокуратура возбудила в отношении ее мужа уголовное дело по обвинению в получении взятки. Собчак по-прежнему числился свидетелем по делу о коррупции в городской администрации Санкт-Петербурга и не соглашался вернуться в Россию из Франции, куда уехал еще в ноябре 1997 года. Так и тянулось одно следствие за другим.
А тем временем Собчак даже из заграницы вел определенную политическую линию. 11 января 1999 года партия «Демократическая Россия», которую возглавляла Галина Старовойтова, пополнила свои ряды новым членом. Бывший мэр Санкт-Петербурга Анатолий Собчак, находящийся во Франции, 4 января прислал по факсу заявление с просьбой включить его в партию и 8 января был принят в члены «ДемРоссии» партийной организацией Восточного административного округа Москвы.