Впрочем, несмотря на обычай, Василию все же не пришлось долго пробыть в семье кормилицы: этому помешало его слабое здоровье. Еще будучи «младенцем» (то есть не старше семи лет от роду), Василий тяжело заболел, так что не оставалось уже никаких надежд на его выздоровление. За умирающего ребенка горячо молилась вся его родня. Наконец, отцу Василия во время молитвы явился Сам Христос, обратившийся к нему со словами из Евангелия, три века тому назад сказанными царедворцу из Капернаума: Пойди, сын твой здоров (Ин. 4, 50). И действительно, в тот же час мальчик чудесным образом исцелился. Однако здоровье его так и не восстановилось до конца: с тех пор и до конца земной жизни святителя Василия мучил какой-то тяжкий недуг, о котором и он сам, и его друзья и родственники неоднократно упоминают в письмах. Святитель принимал свою телесную немощь со смирением, как данный Богом крест и лекарство от гордыни и излишней горячности нрава. В этом Василий уподобился апостолу Павлу, которому также дано было жало в плоть, ангел сатаны, удручать его, дабы он не превозносился чрезвычайностью откровений (2 Кор. 12, 7).
В целях поправки здоровья юного Василия поселили у бабушки по отцу, Макрины Старшей, в ее загородном поместье на берегах реки Ирис. Время, проведенное с бабушкой, сыграло важную роль в деле духовного воспитания будущего святителя: благочестивая исповедница Христова Макрина, в отличие от большинства бабушек – увы, и тогдашних, и нынешних, – заботилась не только о том, как бы побаловать любимого внука, но и прилагала все усилия, дабы воспитать его истинным христианином, «образуя его догматами благочестия», как он сам впоследствии вспоминал. Эти духовные семена, посеянные в душе маленького Василия бабушкой, проросли и явили миру поистине чудный плод.
Время шло, и Василию пришла пора получать образование. Оставив дом бабушки, он вернулся в город, к родителям, и в течение нескольких лет обучался в начальной школе Неокесарии под руководством собственного отца, воспринимая от праведного Василия не только основы наук, но и основы благочестия. Мальчик выказывал недюжинные способности и к тому, и к другому, преуспевая, по воспоминаниям его брата Григория Нисского, как в слове, так и в делах.
Однако благочестивому отцу не долго пришлось радоваться успехам старшего сына. Когда Василию исполнилось четырнадцать лет (возраст, с которого для мальчиков начиналось совершеннолетие), его отец заболел и скоропостижно скончался.