Этим столь недолговечным фундаментам угрожали две причины разрушения: себах и разлив Нила. «Первоначально гипостиль был необитаем, и опасаться действия селитры было нечего. Но с началом христианской эры жилища становились в нем все многочисленнее, и громадные залежи себаха и всякого рода отбросов, которые пришлось извлекать, чтобы добраться до одной части старинного пола, показывают, какое это имело значение. Слой их достигал более чем 1 м 80 см в толщину. Пагубное влияние селитряной земли во сто крат усилилось медленным вековым повышением нильского дна. Если вычисления, сделанные Гран-пашою и Вантр-пашою, точны, среднее повышение речного дна путем наноса горных пород доходит до 96 мм в столетие. А основание гипостиля возвышалось всего лишь на 33 см над уровнем разлива; через каких-нибудь двести лет после постройки вода уже просачивалась до фундамента зала; 13 веков спустя, т. е. около 600 г. н. э., вода в пору наводнения поднялась выше уровня зала и нашла землю, уже обильную селитрой.» Вывод отсюда – селитра, получившаяся из растворенного себаха, в течение тринадцати столетий переносилась водой с места на место, и глыбы очень пористого песчаника выветривались до высоты, которая в настоящее время колеблется в момент разлива между 2–3 м над уровнем почвы.[29]
Против повышения уровня Нила и вторжения воды в храм Попечительство о древностях безоружно; все же остальные причины разрушения побороть возможно, и вот какой план был выработан для спасения Карнака, а при случае и других храмов, которые бы очутились в подобных же условиях непрочного существования: во-первых, удаление себаха; во-вторых, разборка по пластам колонн разбитых, пошатнувшихся или подозрительных; в-третьих, полная переделка фундаментов и восстановление колонн; в-четвертых, умеренное орошение в пору разлива с целью промыть почву, пропитанную селитрой.
Этот план кампании, очень простой, представлял громадные трудности для своего выполнения в Карнаке; дело шло о его применении к северной части гипостиля, где со времени обвала одиннадцати колонн земля была усеяна сегментами, капителями, абаками и архитравами, вес которых колебался между 5 и 40 тоннами. Эти крайне тяжелые работы должны были производиться под угрозой внезапного обвала уцелевших колонн – многие из них находились в неустойчивом равновесии или очень угрожающем состоянии расшатанности. Необходимо было, чтобы точные и ясные инструкции Масперо применялись к делу человеком энергичным, который при случае сумел бы взять на себя инициативу удачных и смелых действий и знал сильные и слабые стороны Карнака. Этими качествами в высокой степени обладал Жорж Легрен, состоявший при работах в Карнаке с 1895 г.; благодаря ему задача отстройки Карнака разрешена в настоящее время в самых трудных своих частях.