Из сочинений Ямвлиха сохранился компилятивный «Свод пифагорейских учений», написанный для школьного обихода. Сюда относятся сочинения:
1. «О Пифагоровой жизни»
2. «Протрептик, или Побуждение к философии», основанный на утраченном сочинении Аристотеля
3. «Об общих принципах математики»
4. «Об арифметике Никомаха»
5. «Теологические принципы арифметики»
Самую значительную утрату из его сочинений представляет «Халдейская теология». Помимо уже указанных, сочинения Ямвлиха включают многочисленные комментарии к Платону и Аристотелю, трактат «О душе», фрагмент которого сохранен в «Антологии» Стобея, утраченное сочинение «О богах». У Стобея также сохранились письма Ямвлиха к Македонию и Сопатру «О судьбе» и к Дексиппу и Сопатру «О диалектике».
Ямвлиху приписывается сочинение «О египетских мистериях». В одной из рукописей после основного заглавия «Ответ учителя Абаммона на письмо Порфирия Анебону и разрешение содержащихся в нем трудностей» это сочинение имеет дополнительное заглавие «О египетских мистериях». Именно так сочинение было озаглавлено в первых изданиях латинских переводов: и в издании Марсилио Фичино, вышедшем в Венеции в 1497 году, и в римском издании 1556 года. Единственным преимуществом этого заглавия является его краткость, поскольку сочинение затрагивает множество других вопросов, и собственно о египетских мистериях речь заходит лишь в последних книгах. В первых изданиях этого сочинения его авторство не вызывало подозрений. Однако в критической литературе с конца XVIII века возникли сомнения в авторстве Ямвлиха, и эту точку зрения принял Э. Целлер, который приписал сочинение «О мистериях» неизвестному представителю сирийской школы неоплатонизма.>1 Однако в 1911 году авторство Ямвлиха было доказано>2, и с этого времени дискуссия об авторстве сочинения «О египетских мистериях» прекратилась.
Сочинение «О египетских мистериях» состоит из 10 книг. Согласно заглавию, сочинение представляет собой ответ на письмо Порфирия к Анебону. В этом письме Порфирий выступает с нападками на теургию, и в частности на новые формы прорицания. Ответ на это письмо представляет собой оправдание теургии.
В первой книге Ямвлих обращается к мудрости халдеев и египтян (гл. 1–2) и рассматривает множество вопросов: родство души с высшими родами (гл. 3), особенности высших существ (гл. 4), благо, души, промежуточные и крайние роды (гл. 5–7). Ямвлих отвергает некоторые принципы разделения существ (гл. 8–10) и дает определение истинной теургии (гл. 11), определяет божество как чуждое страстям (гл. 12–14, 21) и останавливается на различиях богов и демонов. Молитва, согласно его мнению, оправдывает себя, если она обращена к богам как к чистым умам (гл. 15). Бестелесность богов не противоречит божественности небесных тел, и то обстоятельство, что небесные тела видимы, не делает их ниже демонов (гл. 16–17, 19–20). Принцип зла Ямвлих определяет как чужеродность (гл. 18).