Таким образом, деятельность Пифагора можно понимать двояко: с одной стороны, ему приписывается религиозно-мистическая мудрость, с другой стороны, он положил начало научным знаниям. Достоверно о Пифагоре известно лишь следующее: что он заимствовал у орфиков идею о переселении душ, что он предпринял научные занятия и что он основал общество, построенное на религиозных и этических принципах.
Первоначально, благодаря авторитету Пифагора, его школа сохраняла единство, но уже в первой половине V века до н. э. она разделилась на два направления. Математики представляли научное направление в пифагореизме, с которым были связаны Филолай и Гиппас, а направление акусматиков, к которым принадлежал Аристоксен, развивало религиозную и мистическую часть пифагорейского учения. Следует различать ранний пифагореизм, просуществовавший до гонений на пифагорейцев в середине V века до н. э., и следующее поколение пифагорейцев начала IV века до н. э., наиболее значительным представителем которых был Архит из Тарента, с которыми связано развитие в пифагорейской школе научных знаний. Нельзя отрицать научные занятия пифагорейцев, и пифагорейский союз может называться ученым обществом. Религия служила основой, математика и музыка связью всей ученой деятельности пифагорейцев. К научным взглядам древних пифагорейцев относится также учение о гармонии, применяемое к космологии (учение о гармонии сфер) и к учению о душе (душа как гармония ее тела). С другой стороны, душу и ум пифагорейцы сводили к числам, и еще в древней пифагорейской школе появляется учение о свойствах чисел.
Таким образом, все, что известно о древнем пифагорейском учении до конца IV века до н. э., сводится к трем вопросам: к учению о переселении душ, бытовым заповедям, куда относится большая часть акусмат, и космологическим теориям, связанным с учением «все есть число».
Научная деятельность древней пифагорейской школы не получила развития. Пифагорейская наука и философия пережили период преследований и просуществовали до начала IV века до н. э., до деятельности Архита в Таренте, после чего пифагорейская философия утратила всякое значение. В отличие от этого религиозное направление пифагореизма, пифагорейские мистерии, сохранились и получили дальнейшее развитие в неопифагореизме.