В декабре произошёл открытый конфликт генерала Пепеляева и Колчака.
Поезд Верховного Правителя России прибыл на станцию Тайга и был задержан и окружён войсками генерала. Пепеляев в нелицеприятной беседе с Колчаком, выкрикивая обвинения, в грубой форме потребовал расследования предательства в армии и причин сдачи Омска.
Ситуацию спас только что назначенный на пост премьер-министра правительства Виктор Пепеляев, который примирил Колчака и брата. Сахаров был смещен с должности командующего, а распадающаяся, лишенная общего управления армия покатилась мелеющей рекой с запада на восток.
Целью передислокации Верховного Правителя России был теперь Иркутск, где еще была надежда удержать ускользающую власть над Сибирью.
Власть в Иркутске поддерживал гарнизон в несколько тысяч штыков, среди которых наиболее боеспособными были роты юнкеров, унтер-офицеров и несколько эскадронов казаков, преимущественно уральских и сибирских, на которых и рассчитывал адмирал.
Колчак надеялся закрепиться в Иркутске и, соединившись с армией атамана Забайкальского Казачьего войска Семёнова, создать крепкий узел обороны, способный противостоять частям красных. В будущем была надежда сохранить в Прибайкалье власть, выстроить крепкий заслон от красной армии вдоль Байкала, вести борьбу с большевиками и крепить силу, получая поддержку из Приморья и Забайкалья.
Тем не менее события в Иркутске развивались в следующем порядке.
В декабре, последнюю неделю уходящего 1919 года произошло восстание в казармах Иркутского гарнизона в Глазковском предместье, что у самого вокзала, раскинувшегося у реки: две роты повстанцев захватили телеграф и развернули наступление на гостиницу «Модерн», в которой размещались члены колчаковского правительства. Всю ночь шёл бой, но повстанцы казаками и юнкерами были к утру отброшены в сторону рабочего предместья за речку Ушаковку и на этом восстание практически провалилось.
Обыватели могли наблюдать, как бежали в наступающей темноте в панике нападавшие, изредка останавливаясь и с колен стреляли из винтовок в надвигающихся нестройной лавой казаков. Но казаки, проявляя настойчивость, высекая из брусчатки искры подковами коней, настигали бегущих и яростно выкашивали шашками, и только наиболее расторопные успевали скрыться под мостом и по льду реки разбегались и прятались во дворах предместья.