Наименования реки и поселения Атлян раньше именовались, как «Атлан» от башкирского «ат», что значит «лошадь» и от слова «лан» – «садись». Т.е. «Атлан» означает «садись на лошадь», а Атлян – это уже измененное под русский язык звучание «садись на лошадь», сделанное русскими переселенцами, часто подвергавшими изменению звуковой состав не свойственных им тюркских слов.
Какое же истинное смысловое значение у слова «Атлян»? Точно не известно. Молчат об этом река Атлян и окрестности одноименного поселка.
По географическому же смыслу ближе подходить все же название реки, как «проходная», как один из участков пути из Азии в Европу, данное реке в далекие исторические времена до новой эры.
Сама же река начинает свой бег с болотистых мест у хребта Урал-тау, недалеко от поселка Урал-дача. После впадения в нее реки Сержанки (длиной 12 км.) небольшой ручеек превращается в речку. протекает между невысоких гор с хвойным и смешанным лесом. Общее направление течения реки Атлян с юго-запада на северо-восток. После пересечения автомагистрали М-5 Челябинск-Уфа, река протекает через поселок, называемый Нижний Атлян, а через 2 км. по обоим берегам реки расположен Верхний Атлян.