У Феликса были все возможности получить высшее образование, сделать успешную карьеру. Родственники предсказывали ему путь служения Отечеству не по линии Военного ведомства, а духовный, ксёндзом римско-католической церкви. Но в 1896 г. он избрал иной, полный трудностей и лишений путь революционера, считая, что только борьба с самодержавием достойна имени гражданина. Юношей он наивно считал, что для этого достаточно лишь желания «идти в народ» без серьёзной подготовки. И когда подошло время сдавать экзамены на аттестат зрелости, бросил гимназию, мотивируя это тем, что «развиваться можно и работая среди рабочих, а университет только отвлекает от идейной работы, создает карьеристов».
С шести лет Феликс учился читать и писать по-польски, а с семи – по-русски. Первыми его учителями были мать и старшая сестра Альдона, которая подготовила его в 1887 г. к поступлению в 1-ю Виленскую мужскую гимназию. Учёба шла с переменным успехом. В первом классе он остался на второй год, потому что слабо знал русский язык. В протоколе заседаний педагогического совета гимназии за первое полугодие 1889/99 учебного года отмечено, что Феликс Дзержинский за поведение получил удовлетворительную оценку. Наибольших успехов юноша достиг в изучении латинского, немецкого и французского языков, истории и в гимнастике, которой обучал его поручик 106-го Уфимского полка Сацукевич, оценивший успехи своего ученика как хорошие и удовлетворительные. Зато по Закону Божьему Феликс выдержал устное испытание на «отлично»18.
Данное обстоятельство можно объяснить тем, что в родном доме и в гимназии его старались воспитывать в духе строгого католицизма и польского патриотизма. Это было не сложно, потому что в то время в Вильно, по всей Литве и Белоруссии царскими жандармами, чиновниками и учителями преследовалось все польское и католическое. Вполне естественно, это вызывало протест среди молодого поколения, своими глазами не видевшего виселиц Муравьева-Вешателя, но знавших это по рассказам матерей и живо чувствовавших на каждом шагу свое бессилие. Именно в эти годы Феликс мечтал найти шапку-невидимку, чтобы «уничтожить всех москалей». Но прошло несколько лет, и он стал интернационалистом, выступив вместе с русскими против самодержавия.
Для Дзержинского лучшей школой стала сама жизнь. По мере взросления менялись взгляды молодого человека. Он не только перестал призывать к борьбе с русскими, но и не стал ксёндзом, хотя в 1896 г. говорил, что если пойму, что нет Бога, то пущу себе пулю в лоб. Но через два года стал убежденным атеистом.