По предложению Комитета обороны г. Петрограда Петерс назначен начальником оперативного штаба внутренней обороны 28 мая 1919 г., а затем начальником внутренней обороны города. Он развернул кампанию массового террора. Лично возглавил повальные аресты и расстрелы. Даже по телефонным книгам составлены списки подлежащих аресту бывших сановников, военных, капиталистов, дворян и тому подобных. Издал распоряжение об аресте жен и членов семей, перешедших к белым командиров Красной армии, провел чистку комсостава гарнизона, в результате которой арестовано более 200 человек. Одним из его первых решений было издание 11 июня приказа о поголовном обыске во всех жилых помещениях города для «изъятия» «подозрительных лиц», а также «бывших» (полицейских, жандармов, офицеров и унтер-офицеров) и не имеющих выданного большевиками «вида на жительство». Обыску подлежали и храмы, и нежилые помещения. Задержанных во время облавы либо высылали из города, либо казнили по «ордерам». В дополнение к приказу издана «Инструкция по производству осмотра Петрограда». По ней каждый район разбивался на участки, в которых проводился поголовный осмотр всех жилых и нежилых помещений, храмов всех вероисповеданий, колоколен, чердаков, подвалов, сараев и складов с основной задачей обнаружения оружия. Задержанию при обысках подлежали: дезертиры, непрописанные граждане, лица, вообще не имевшие видов на жительство; все бывшие полицейские чины до околоточных включительно и все бывшие жандармские офицеры и унтер-офицеры. В городе «деятельность» Петерса вызвала массовое недовольство населения.
В мае 1918 г. член Коллегии ВЧК М.С. Кедров направлен на Север командовать Северо-Восточным участком завесы. В то время политическая ситуация в северных губерниях была критической: власть уходила из рук большевиков. Значительное влияние меньшевиков и эсеров, угроза военной интервенции, отсутствие политически грамотных советских и партийных кадров способствовали ослаблению большевистского влияния, а отсюда и стремление в борьбе с противниками советской власти применять массовый террор, активным сторонником которого был Кедров. «Шигалев нашей современности» – как называл его Варлам Шаламов78.
Женщина-комиссар В.Н. Яковлева, руководила допросами, расстрелами и карательными операциями продотрядов, отличалась полным отсутствием какой-либо жалости. По свидетельству нидерландского дипломата Виллема Аудендейка, была «страшным человеком» и отличалась «нечеловеческой жестокостью».