В Кашин приехала специальная комиссия, освидетельствовала мощи, после чего на Церковном соборе в Москве в 1649 году приняли решение причислить Анну Кашинскую к лику святых. Торжество прославления состоялось на следующий год, с участием государя Алексея Михайловича и его семьи: сестры царя и царица Мария Ильинична вышили покров на мощи и воздухи. Рассказывали, что сам царь даже нес новообретенные мощи во время процессии. Для молодого государя, который только начал править, появление новой святой было хорошим знаком. Но и после торжественного прославления в лике святых многострадальной Анне Кашинской предстояли новые скитания.
Почти уникальный случай деканонизации в Русской православной церкви. 1678-й год, борьба с церковным расколом в самом разгаре. И тут церковный собор постановляет: прекратить почитание святой Анны Кашинской. Официальным поводом объявлены нестыковки ее жития с историческими летописями, но настоящая причина, видимо, в другом. Все еще хорошо помнят, что когда открыли мощи преподобной, чтобы перенести их в Воскресенский собор города Кашина, то увидели: рука у Анны сложена двуперстием. Так крестятся раскольники. И теперь власти опасаются, что Анна Кашинская может стать знаменем старообрядчества.
Тверскому архиепископу предписано «собрать» ее иконы, Церковный собор отныне «строго запрещает» писать образ Анны, читать ее житие и каноны. Но и под страхом анафемы почитание преподобной в народе продолжается. В кашинских архивах есть рассказ о том, что кто-то даже пытался исправить двоеперстие святой на троеперстие, но рука вернулась в исходное положение.
Жители Кашина снова и снова составляют петиции царям с просьбой о «пересмотре дела» и «реабилитации» своей любимой святой. Только в XIX веке они отправят семь таких прошений. Ведь чудеса у раки с мощами преподобной не прекращаются и после ее развенчания.
Из записей в архивах Кашинского краеведческого музея:
«Есть случай, в котором в простоте сердца рассказано, как чудо произошло. Посадила я свою больную девочку трех лет, парализованную, при гробе на первую ступеньку помоста, а сама стала горячо молиться. И через два-три дня дочка стала поправляться, а через неделю вышла на улицу».
Наконец, в начале XX века благоприятный момент настает. Император Николай II одобряет редчайшую церковную процедуру: возвращение титула святости Анне Кашинской. При последнем императоре вообще канонизируют многих святых и открывают множество новых мощей.