В Средине века водолечение было забыто. Римские термы церковь превратила в храмы. После первых Крестовых походов в Европе получили распространение турецкие бани, причем в них просто мылись, без ароматических масел и лекарственных трав, перестали делать массаж, зато многие бани стали притонами разврата. Во многих городах власти издавали указы о закрытии бань именно на этом основании. Люди мылись дома, в больших тазах или ваннах. Использования воды в лечебных целях возобновляется во второй половине XVII века и первой половине XVIII века.
В России издревле были популярны лечебные процедуры в банях, а Петр I впервые применил водолечение с использованием местных минеральных вод. Однако широкое распространение водолечение получило после открытия на Северном Кавказе минеральных источников.
Научное обоснование водолечение получило в XIX веке. Большой вклад в его развитие внес простой пастух из Силезии Викентий Присниц. Его ученик, австрийский врач, профессор Винтерниц, изучив практический опыт и труды своего учителя, поставил водолечение на прочную научную основу. Винтерниц тщательно разработал физиологию водолечебных приемов и дал научное объяснение наблюдений и знаний, добытых Присницем эмпирически.
Обогатил водолечение новыми методами и священник Кнейпп из Баварии, который был также известным целителем. Он написал книгу «Мое водолечение», в которой изложил 35-летний опыт применения воды в излечении многих болезней. Он утверждал, что холодная вода закаляет и лечит все болезни, а кто понимает действие воды и умеет применять ее в разнообразных видах, тот обладает таким целебным средством, равного которому нет.
Вода, как считает С. Кнейп, обладает тремя основными свойствами: растворять, удалять (медленно смывать) и укреплять, и это дает возможность утверждать, что обычная чистая вода излечивает все вообще излечимые болезни при правильном систематическом ее применении. «Слабые, тщедушные, малокровные, нервные, сердечные и желудочные больные составляют теперь большинство населения, а вполне здоровые люди являются исключением», – писал С. Кнейп еще в XIX веке.
В 1892 году появляются работы по водолечению В. Каминского, выдающегося русского ученого, посвятившего свою жизнь вопросам водолечения. Каминский вел большую практику, к нему приходили огромные толпы жаждущих нецеления.