Научно-практическая деятельность ученого трижды прерывалась арестами и ссылками. В 1924 году по обвинению в недоносительстве он был осужден на три года к вольной ссылке в Омске. Приговор спустя два месяца был отменен. В 1929 году он был арестован по делу философско-религиозного кружка «Воскресенье», в 1930 году дополнительно привлечен по «делу Академии наук» – вредительства на историческом фронте. Отбывал ссылку в Соловецком лагере особого назначения, затем в Белбалтлаге на Медвежьей горе. В 1933 году, досрочно освобожденный, он избрал для жительства Москву. Начатое после второго ареста сотрудничество Анциферова с Государственным литературным музеем, завершившееся в марте 1937 года переходом туда на работу в качестве старшего научного сотрудника экспозиционного отдела, оборвалось новым арестом. В начале 1938 года он по этапу прибыл в Амурлаг. После отмены приговора в 1939 году вернулся в Москву и продолжил работу в ГЛМ сначала руководителем отдела литературы XIX века, затем, после тяжелого инсульта, консультантом. В годы Великой Отечественной войны Анциферов не покидал Москвы. В 1943 году был принят в члены Союза советских писателей; в июле 1944 года в Институте мировой литературы им. А. М. Горького АН СССР защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата филологических наук «Проблемы урбанизма в русской художественной литературе. (Опыт построения образа города – Петербурга Достоевского – на основе анализа литературных традиций)».
В 1933 году, после возращения из Белбалтлага, Анциферов стал жителем арбатских переулков, где в коммунальной квартире № 1 дома 41 по Большому Афанасьевскому переулку прожил 23 года своей московской жизни. В Москве он нашел верного спутника – Софью Александровну Гарелину, был окружен друзьями – семьями Лосевых, Чуковских, Реформатских, здесь его навещали Томашевские, приезжали друзья юности. В довоенные годы у него на Арбате гостила дочь Татьяна, после войны – сын погибшего в блокаду Светика маленький Миша Анциферов.
Анциферова не стало 2 сентября 1958 года. Он был отпет в старинном московском храме Ильи Обыденного на Остоженке, похоронен на Ваганьковском кладбище и связан с московской землей уже навсегда.
* * *
«В основе культуры – память», – говорил С. О. Шмидт6, и с этой точки зрения переписка Анциферова – принявшее форму эпистолярия продолжение его основной научно-практической деятельности как социального историка (краеведа) по сохранению культурной памяти общества и борьбы за качество этой памяти. Среди его собеседников были известные деятели науки и культуры, и он оставил после себя более двух тысяч писем, к ним адресованных и рассеянных ныне по крупнейшим архивохранилищам Москвы и Санкт-Петербурга. Сюжетообразующее начало анциферовского эпистолярного комплекса автор определил его же формулой «Такова наша жизнь в письмах»