Андрей Рублёв и его сподвижники расписывали и украшали собор образа Спасо-Нерукотворного и в своей родной обители – Спасо-Андрониковом монастыре сразу после его постройки в 1420-х годах. Фрески и иконы этого храма стали последней работой прославленных иконописцев. После смерти иконописцы были погребены в Андрониковом монастыре. Надгробная белокаменная плита, под которой был положен сам Андрей Рублёв, обретённая в XVIII веке, подтверждает этот факт. Свидетельства об этом хранят сообщения отечественных историков того времени. Надгробие Рублёва, описанное в XVIII веке, позволяет установить примерную дату смерти великого иконописца – 11 февраля (29 января по юлианскому календарю) 1430 года. Правда, время не сохранило шедевры иконописи школы Рублёва в Спасском соборе монастыря.
Есть все основания предполагать, что в Андрониковом монастыре в ту эпоху появились и другие изографы, принявшие участие в формировании московской школы иконографии, внесшие свой вклад в искусство Русского Возрождения. Возможно, кто-то из них возглавлял иконописную мастерскую. В монастыре процветала книжная миниатюра. В Историческом музее хранится иллюстрированное Евангелие Андрониковой обители. Специалисты приписывают его миниатюры кисти Андрея Рублёва. Ближайшей аналогией этого памятника является Евангелие Хитрово, сохраняемое в фондах Российской государственной библиотеки. Несомненно, что в Андрониковом монастыре процветали все три вида живописного искусства русского Средневековья: монументальное, станковое и миниатюра.
К 1504 году относится кирпичная трапезная палата, построенная по повелению и на средства великого князя – государя Московского и всея Руси Иоанна III. Сохраняется предание, что игумен Андроникова монастыря был его духовником. Таким образом, строительная деятельность Ивана III по украшению столицы Русского государства, коснулась и Андрониковой обители, что свидетельствует о её значении в ту эпоху.
В ХVII веке к зданию трапезной палаты были сделаны пристройки частично на старых основаниях. В конце XVII века бояре Лопухины (родня царицы Евдокии – первой жены царя Петра I) воздвигли величественный Архангельский собор над усыпальницей почивших представителей своего рода. Строительство собора было закончено лишь в 30-е годы XVIII века. В южной части территории монастыря находится двухэтажное здание бывших митрополичьих палат XVII века.