Хотя перед выходом с кораблей сняли артиллерийское и торпедное вооружение и до предела сократили составы экипажей, идти было очень трудно. Подводные лодки совершали переход в плавдоках. Чтобы пройти под мостами, демонтировали мачты. По мелководной Свири эсминцы тащили в импровизированных деревянных доках, а перед шлюзами Беломорканала целый месяц ожидали окончания строительных работ. Адмирал В. И. Платонов в своих воспоминаниях писал, что особенно трудно было осуществлять переход по реке Свирь: «На Сиговских порогах „Декабриста“ тащили четыре огромных колесных буксира, „запряженных“ цугом. Сильное течение бросало лодку от одного берега к другому, и, чтобы она не села на мель, ее с обоих бортов подпирали маленькие винтовые пароходики. Мы продвигались вперед так медленно, что подчас казалось, будто стоим на месте…»
Корабли ЭОН-1 пришли к Повенцу на месяц раньше, чем открылся канал. «Мы вынуждены были стоять в гавани, ожидая, пока пророют перемычку канала, – вспоминал В. И. Платонов. – Занимались боевой подготовкой, изучали условия предстоящего плавания…» В это время на канале спешно заканчивали основные строительные работы. Земляная перемычка, отделявшая нижний напорный фронт шлюза № 1 от Повенецкого залива Онежского озера, еще была на месте. Ранним утром одного из дней первой недели июля корабли ЭОН-1 вошли в канал. В. И. Платонов вспоминал: «Перед нами уступами шлюзов возвышалась „Повенчанская лестница“. На каждой такой „ступеньке“ нас встречала команда хорошо натренированных рабочих-заключенных, стоявших на ручных размахах лебедок и на клапанах кингстонов затопления и осушения камер. Действуя согласованно, они наполняли камеры и открывали ворота. Мы поднимались все выше и выше по водяным ступеням. В каждом шлюзе нужно было заводить швартовы, гасить ими инерцию корабля, затем травить их по мере подъема корпуса на новый уровень, отдавать и убирать концы, подбирать и крепить буксир. Моряки швартовных команд обливались потом, старпомы и боцманы охрипли от подачи бесконечных приказаний и команд. Отдыхать было некогда, за нами уже стояла очередь торговых судов, направлявшихся в Белое море…»
20 июля последний корабль ЭОН-1 вышел из шлюза № 19 Беломорско-Балтийского канала в Сорокинскую губу Белого моря и встал к причальной стенке. Долгий и изматывающий переход по внутренним путям закончился.