Важной особенностью военных флотилий РККФ являлось наличие в их составе наряду с кораблями морской авиации и частей морской пехоты (десантных отрядов). Так, в апреле 1920 г. советское командование приступило к формированию Азовской военной флотилии (командующий Е. С. Гернет).[48] В конце весны на Азовском море было оборудовано, вооружено и подготовлено к ведению боевых действий до 40 различных кораблей, которые и составили боевое ядро Азовской военной флотилии. В июле она пополнилась 18 самолетами, из них 11 было морских и 7 сухопутных. В августе при флотилии была сформирована морская экспедиционная дивизия (начальник П. И. Смирнов) в количестве около 5 тысяч человек.[49]
Следовательно, военные флотилии РККФ представляли собой крупные соединения разнородных сил флота, состоящих из кораблей различных классов и назначения, авиации и морской пехоты. Это позволяло им более успешно решать стоявшие перед ними задачи в совместных действиях с сухопутными войсками, особенно по высадке десантов. Некоторые крупные тактические десанты, особенно на Азовском море в 1920 г., с обеих противоборствующих сторон готовились и проводились как десантные операции. Для высадки крупных десантов в качестве десантных войск белогвардейцы использовали и крупные сухопутные части, особенно генерал-лейтенант П. Н. Врангель.
В июне 1920 г. 13-я армия (командующий Р. П. Эйдеман) РККА обороняла выходы из Крыма в Северную Таврию, удерживая Перекопский и Чонгарский перешейки. Белогвардейское командование приняло решение: сковать силы 13-й армии атаками Перекопа и Чонгара с фронта и обойти ее фланг с моря. Для этого к 20 мая в Феодосии были сосредоточены 2-й армейский корпус (6450 человек, командир генерал-лейтенант Я. А. Слащев) и транспорты.
Замысел операции предусматривал прорыв эскадры с десантными войсками (2-й армейский корпус) из Феодосии через Керченский пролив в Азовское море, переход морем и высадку десантных войск в районе Кирилловки. Командующим операцией был назначен генерал-лейтенант Я. А. Слащев, командиром высадки – начальник 2-го отряда Черноморского флота капитан 1-го ранга Н. Н. Машуков.
Сообразно этому был построен план операции: 1-й армейский корпус (командир генерал от инфантерии А. П. Кутепов) атаковал Перекоп, 3-й армейский корпус (командир генерал Писарев) пытался форсировать Чонгар. Наступление должно было развернуться 8 июня. Одновременно из Феодосии 2-й армейский корпус должен был тронуться в путь и, пройдя ночью узкий Керченский пролив, где фарватер проходил всего в 1,5 километрах от берега Тамани, занятого Красной армией, высадиться 7 июня в 50 километрах от фланга 13-й армии. Расчет был построен на внезапности. Белогвардейское командование считало, что оно не сможет скрыть самого факта подготовки к десанту, но надеялось удержать в тайне время и место высадки. Мало того, оно рассчитывало выполнить десант в такое время, когда 13-я армия будет связана наступлением с фронта. Особенностью десантной операции была высочайшая скрытность ее подготовки, особенно планирования. Ради нее совершенно пренебрегли подготовкой высадки десанта. Кирилловская десантная операция готовилась около трех недель. Разработка плана операции велась лично генерал-лейтенантом Я. А. Слащевым. С планом был ознакомлен только утвердивший его генерал-лейтенант П. Н. Врангель.