На морях, озерах и крупных реках создавались флоты, флотилии и отряды боевых кораблей, в состав которых входили корабли бывшего русского флота, а также переоборудованные гражданские суда. В связи с военной интервенцией возникла угроза захвата германскими войсками кораблей русского Балтийского флота[9] сначала в Таллине, а затем в Хельсинки. Совершив в феврале – мае 1918 г. ледовый переход, корабли Балтийского флота перебазировались в Кронштадт. Всего перебазировалось 236 кораблей и судов.[10]
В связи с угрозой захвата интервентами русского Черноморского флота[11]20–30 апреля 1918 г. его боевое ядро (2 ЛК, 14 ЭМ, 2 ММ, 1 ВКР, 1 °СКА и др. с 3500 человеками личного состава) перебазировалось в Новороссийск.[12] Из них 18–19 июня из-за угрозы захвата интервентами были затоплены 1 ЛК, 7 ЭМ и 2 ММ, а 8 СКА перевезены в Царицын. Остальные (1 ЛК, 1 ВКР и 7 ЭМ) были белогвардейцами возвращены в Севастополь и сданы германским войскам.[13] В Севастополе германские интервенты захватили также все старые линкоры, крейсеры, подводные лодки, часть эсминцев и другие корабли и вспомогательные суда. Русский Черноморский флот перестал существовать. В ноябре – декабре 1918 г. в Черное море вошли крупные военно-морские силы Антанты (10 ЛК, 13 КР, 13 ЭМ и др.).[14] Русская Северная флотилия была полностью захвачена интервентами.
Необходимость высадки тактических десантов потребовала создания специально подготовленных формирований. Они имелись как у Рабоче-крестьянского Красного флота (РККФ), так и у белогвардейцев.
В годы Гражданской войны и иностранной военной интервенции около 170 отрядов и частей морской пехоты действовали в составе более 20 флотилий РККФ и 14 общевойсковых армий Рабоче-крестьянской Красной армии (РККА). 75 тысяч моряков мужественно сражались на сухопутных фронтах.[15]
Эти отряды и части комплектовались в начале Гражданской войны, как правило, на добровольной основе, отмечались довольно высокими морально-боевыми качествами и использовались при обороне на особо опасных участках фронта, а в наступлении – на направлении главного удара. В десантных действиях они решали главную задачу. Существенным недостатком этих формирований являлась неприспособленность моряков к длительному ведению позиционной войны, невысокая дисциплина во многих отрядах на отдыхе или при переформировании в тылу. Некоторые отряды испытывали влияние анархистов.