Дальнейшая судьба Евстратия Федосеевича менее известна. В марте 1722 года в Пскове состоялась полемика между ним и беглопоповским священником Матвеем Андреевым. Через 9 лет после вынужденного бегства из Ряпиной мызы Евстратий основал Гудишкскую обитель (ныне Игналинский район Литвы). Условия жизни федосеевцев были здесь довольно хорошие, так как и местные дворяне, в лице управляющих имением католиков, если не покровительствовали, то благосклонно и терпимо относились к староверам. В обители была построена часовня, где проходили «церковные службы». В 1735 году Евстратий Федосеевич выступил на федосеевском соборе в Ступелишках, где публично изложил свое исповедание веры и молил всех «православных христиан», если когда и сделал из-за «своего скудоумия в делах и словесех <…> согрешение, Святыя Троицы ради», простить его «грубаго, грешнаго, всех опечалившаго» и быть милостивыми к нему. Старообрядческий историк Павел Любопытный писал о Евстратии: «Впрочем, он открывал во многих случаях своих деяний довольно суеверия и грубости, часто изражал самонадеянность и прекословие просвещенным мужам»10.
В 1730-е годы Евстратий Федосеевич оставался видным наставником, но утратил роль одного из главных руководителей федосеевства и был далек от того высокого авторитета в беспоповстве, которым пользовался в начале XVIII века его отец. Видимо, он не присутствовал и на состоявшемся в 1751 году известном Польском соборе. Он не упоминается в источниках и в годы разорения Гудишкской обители. Известно, что в 1742 году Евстратий написал «Житие Феодосия Васильева», по жанру напоминающее поздние жития русских святых и являющееся важнейшим источником для биографии его отца, основателя федосеевского согласия. Известно еще «Послание Евстратия Федосеевича на Выг» (1757), в котором он отстаивает неизменность учения первых федосеевцев о поклонении титлу IНЦI и о признании законности браков, заключенных до перехода в старообрядчество. Согласно Павлу Любопытному, Евстратий Федосеевич «скончался честно в своей обители, 1768 года, от рождения своего 76 лет». К сожалению, он не уточнил названия этой обители, находившейся, несомненно, на территории Речи Посполитой – вот только в Литве или в Себежском уезде?
Из других источников мы знаем, что в последние годы Евстрат Федосеевич часто бывал в Новгороде и Старой Руссе и поддерживал тесные связи с местными староверами. «Есть основания предполагать, – замечает по этому поводу И. А. Мельников, – что последние годы жизни Евстрат провел в Новгородских пределах, а именно, в самом Новгороде либо, что еще более вероятно, в Старой Руссе»