В июне 1674 года Мазепа бы отправлен посланником в Крымское ханство и Турцию. Делегация везла султану 15 левобережных казаков в качестве невольников-заложников. По дороге в Константинополь отряд был перехвачен запорожскими казаками. Они хотели убить Мазепу, но затем переправили его левобережному гетману Самойловичу. Тот отреагировал своеобразно. Он поручил Мазепе воспитание своих детей.
В правление Софьи власть в Левобережной Украине фактически находилась в руках её фаворита Василия Голицына. Мазепа снискал его расположение, а после падения Самойловича был избран гетманом. Самойловича сослали в Сибирь, сына его, Григория, казнили. Видимо, какую-то роль сыграл в этом и Мазепа. Он был мастер интриги.
Н. И. Костомаров так писал о нём: «В нравственных правилах Ивана Степановича смолоду укоренилась черта, что он, замечая упадок той силы, на которую прежде опирался, не затруднялся никакими ощущениями и побуждениями, чтобы не содействовать вреду падающей прежде благодетельной для него силы. Измена своим благодетелям не раз уже выказывалась в его жизни. Так он изменил Польше, перешедши к заклятому её врагу Дорошенку; так он покинул Дорошенка, как только увидал, что власть его колеблется; так, и ещё беззастенчивее, поступил он с Самойловичем, пригревшим его и поднявшим его на высоту старшинского звания. Так же поступал он теперь со своим величайшим благодетелем, перед которым ещё недавно льстил и унижался» (Костомаров, Н. И. Мазепа. Москва, издательство «Терра», 2004).
Костомаров, разумеется, имел в виду Петра I.
С 1689 года российский император получал на Мазепу доносы, говорившие о его измене. Пётр доносам верить не хотел; доносчиков наказывали, а доверие царя к гетману только возрастало. Так продолжалось и в июле 1704 года, когда. Мазепа сам перешёл в наступление – обвинил Фастовского полковника Семёна Палия в измене (Фастов – город в Киевской области). Палий был отправлен в Москву, а оттуда сослан в Тобольск.
1706 год был годом политических неудач Российского государства: польский король Август II был вынужден отказаться от престола. Несмотря на победу в сражении под Калишем (город в Польше), Россия осталась в войне со Швецией в одиночестве. В этих обстоятельствах Мазепа вступил в тайные переговоры с новым польским королём Станиславом Лещинским, ставленником Карла XII. Договорились так: Мазепа предоставляет шведам зимние квартиры, продовольствие и фураж и пытается склонить на сторону Карла запорожских и донских казаков, а также калмыцкого хана. Пётр I об этом не знал, так как после казни Василия Кочубея и Ивана Искры жаловаться на Мазепу запорожцы опасались.