Малкольм истолковал как наказание, посланное ему Богом, но впоследствии, после собственного разрыва с «Нацией ислама» и обращения в суннитский ислам, он объяснял трагедию, происшедшую с братом, эмоциональным стрессом, который испытал слабовольный и зависимый Реджинальд от разрыва с родными.
Находясь в тюрьме, Малкольм впервые начинает отращивать бороду, впервые отказывается от своего «рабского имени» и называет себя Малахия Шаббаз. Позже, после выхода на свободу, ему придется сбрить бороду, так как Илия Мухаммед запрещал своим последователям ходить бородатыми, «как древние люди»; также пришлось отказаться от нового звучного имени, ибо только почтенный Илия Мухаммед обладал правом давать черным людям их «истинные, божественные имена». Только после выхода из «Нации» он вновь отрастит свою знаменитую бородку, примет новое имя – Хадж Малик Шаббаз.
В последний год своего тюремного заключения Малкольм был переведен из тюрьмы Норфолка обратно в чарльстонскую тюрьму. Видимо, возымела свое действие неукротимая активность Малкольма, его проповеди ислама среди черных заключенных, его письма губернатору и президенту, его борьба за соблюдение религиозных прав мусульман в тюрьме. Впрочем, Малкольм не слишком огорчился подобному событию, видя в нем возможность проповеди учения Илии Мухаммеда в новом месте. Теперь он знал, что вся его жизнь будет посвящена борьбе с угнетателями, делу морального освобождения своих братьев и сестер от психологических оков чуждой цивилизации.
Удивительные метаморфозы произошли с ним за эти тюремные годы. Из неграмотного, едва умевшего читать уголовника, словарный запас которого не превышал трех сотен слов, безыдейного циника, атеиста, «хищного зверя», наркомана Малкольм превратился в глубоко религиозного, по-настоящему праведного, волевого человека, обладавшего обширными познаниями в области истории, политики, социологии, религии, великолепного оратора-полемика. Впоследствии Малкольм отмечал, что люди, не знавшие его прежней жизни, думали, что он получил хорошее образование. Но он отвечал им, что его «альма матер» была тюрьмой. Именно здесь он обрел знание и духовную свободу, став совершенно другим человеком. Впоследствии, выступая перед студентами одного из колледжей, он скажет: «Я не думаю, чтобы кто-нибудь извлек бы большую пользу из нахождения в тюрьме, чем я. В самом деле, тюрьма дала мне возможность учиться гораздо более интенсивно, чем если бы моя жизнь потекла по-другому и я учился бы в колледже. Я думаю, одна из самых больших проблем колледжей в том что здесь много отвлекающих факторов… Где, как не в тюрьме, я мог атаковать свое невежество, занимаясь иногда по 15 часов в день?»