Пётр многократно упоминается и в Евангелии от Иоанна. Существует мнение, что в этом Евангелии роль Петра занижена по сравнению с синоптическими повествованиями[11]. Это мнение подтверждают, в частности, тем, что у Иоанна первым находит Иисуса не Пётр, а его брат Андрей (Ин. 1:40–42)[12], и что ко гробу воскресшего Иисуса, согласно Иоанну, первым прибегает не Пётр, а «другой ученик» (Ин. 20:8), отождествляемый с самим Иоанном[13]. «Другой ученик», он же «любимый ученик», в качестве положительного персонажа якобы противопоставляется Петру, выступающему скорее в роли отрицательного героя[14].
Эта точка зрения была успешно оспорена Р. Бокэмом, который видит Петра и любимого ученика в Евангелии от Иоанна не как конкурирующих, а как взаимодополняющих персонажей:
На мой взгляд, это не полемическое соперничество, призванное очернить Петра. Скорее, это некая «товарищеская конкуренция», однако имеющая серьезную цель – показать, что любимый ученик более всех прочих способен быть свидетелем Иисуса. Петр… должен стать главным пастырем Иисусовых овец и отдать свою жизнь за Иисуса, но любимому ученику отведена иная роль: он – идеальный свидетель, особенно чуткий и восприимчивый. Об этом сообщает Евангелие от Иоанна в то время, как Евангелие от Марка представляет точку зрения Петра – вождя Двенадцати, виднейшего ученика, известного и уважаемого во всех христианских церквах. Однако, как подразумевается в Четвертом Евангелии, последнего, самого глубокого слова об Иисусе Пётр не сказал. У любимого ученика – не столь известного, хотя он также много лет служил Церкви – есть собственное свидетельство. Его близость с Иисусом требует, чтобы к его свидетельству прислушались. Вот почему и в начале истории он появляется, «отодвинув» Петра, и в конце – вместе с Петром и так, что именно ему посвящены последние в этом Евангелии слова Иисуса. Хотя он и не должен, как неверно поняли некоторые (Ин. 21:23), дожить до второго пришествия, – ему определенно предстоит пережить Петра, поскольку его роль – в том, чтобы оставаться свидетелем и продолжать нести свое свидетельство и после Петра[15].
В четвертом Евангелии отсутствует целый ряд эпизодов с участием Петра, присутствующих в синоптических Евангелиях. В то же время Иоанн добавляет несколько эпизодов с участием Петра, которых нет у синоптиков – в частности диалог между Иисусом и Петром в сцене омовения ног на Тайной вечере (Ин.13:6-10), а также рассказ о том, как Пётр бросился вплавь навстречу воскресшему Иисусу (Ин. 21:7). Все четыре Евангелиста повествуют об отречении Петра, но только Иоанн приводит диалог, который в экзегетической традиции интерпретируется как восстановление Петра в апостольском достоинстве после его отречения, – когда воскресший Иисус говорит Петру: «паси агнцев Моих», а затем дважды: «паси овец Моих» (Ин. 21:15–19).