Как и в случае с ранее подписанными договорами, королева-мать и лидеры Римско-католической партии не имели намерения соблюдать их условия, а напротив, стремились путем предательства добиться того, чего им не удалось добиться силой оружия. Через два года их планы созрели для исполнения. В День Святого Варфоломея, 24 августа 1572 года, в Париже началась всеобщая резня протестантов. В последовавшей за этим страшной бойне, по самым скромным подсчетам, было уничтожено 30 000 протестантов Франции, но многие историки считают, что число убитых было гораздо больше. Большинство вождей гугенотской партии были уничтожены в этой резне, но остальные сплотили свои разрозненные силы, и началась новая война, которая продолжалась лишь с небольшими перерывами до самого ее окончания. Последовало восшествие на престол Генриха Наваррского в 1589 году. Его царствование знаменует собой спокойный период в истории французских протестантов, и в 1598 году они получили знаменитый Нантский эдикт, который, хотя и дал им меньше, чем они ожидали, все же в течение длительного периода времени был основой их свободы. Период, последовавший за царствованием Генриха IV, был отмечен многочисленными выступлениями гугенотов, которые не доверяли планам и целям французского двора, и в конечном счете кардинал Ришелье решил окончательно сломить их власть, захватив их главную крепость, Ла-Рошель. Это он осуществил в 1628 году, и с ее падением и последующей сдачей оставшихся протестантских городов религиозные войны Франции пришли, наконец, к концу. Тем не менее гугеноты были оставлены в свободе вероисповедания и, будучи отстранены от двора и государственной службы, посвятили себя производству и торговле до тех пор, пока не стали промышленными лидерами нации. Они занимались сельским хозяйством в сельских районах, и их фермы были одними из лучших во Франции. Виноторговля в Гюнне, сукно в Кане, морская торговля в Нормандии, мануфактуры в северо-западных провинциях, торговля шелком в Лионе и многие другие отрасли торговли были почти целиком заняты гугенотами, которые несли на себе бремя гугенотской империи, и, как было доложено Луи де Ларошпозе, епископу Пуатье, пользовались высокой репутацией предприимчивых и честных людей даже среди своих врагов. Укрепление власти короля было, однако, чревато опасностью для свобод протестантов, и так как Людовик XIV на склоне лет стал болезненно суеверен, то он стремился под руководством госпожи де Ментенон и своего духовника Лашеза искупить свои собственные преступления подавлением ереси. Преследование было возобновлено, и многие тысячи людей были запуганы до отказа от своей религии с помощью драгонад (принудительный постой войск в домах гугенотов, применявшийся французским правительством с 1681 по 1685 год, в целях принуждения протестантов к переходу в католичество – пер).