На сторону пуритан встали люди, более сосредоточенные на требованиях собственной совести. Они считали человека изначально греховным, а спасения ждали только от милости Господней. Они отвергали практику исповеди и поддерживали активный самоанализ поведения и строгую самодисциплину. Пуритане хотели иметь дело не с епископатом, а с выборными старейшинами-проповедниками. Источником всей Божественной истины они почитали слово Священного Писания и верили в Промысел Божий. И мужчины, и женщины пуританской традиции полностью подчиняли себя воле Божией, и никакой обряд не мог заставить их сойти с выбранного пути. Это придавало им усердие и энергию в попытках очистить от скверны существующий мир и, как сформулировал один пуританский богослов, дарило «праведное неистовство в исполнении своего долга». Иной раз они говорили, как чувствовали, не стесняясь в выражениях. Считалось (совершенно несправедливо), что пуритане Бога любят всей душой, а всем сердцем ненавидят ближнего.
На том этапе, однако, эти две стороны не были противоборствующими конфессиями, скорее их следует рассматривать как различные движения внутри одной Церкви: первое официальное столкновение между представителями разных направлений произошло зимой в Хэмптон-Корте. В первый день конференции, 14 января 1604 года, король ограничился разговором со своим священством. Яков обсудил с епископами изменения, предлагавшиеся в «Петиции тысячи». На второй день во дворец пригласили пуританских богословов. Первым слово получил Джон Рейнольдс. Он стал доказывать, что Англиканская церковь должна более последовательно принять кальвинистскую доктрину. Епископ Лондонский Ричард Бэнкрофт немедленно вмешался. Он опустился перед королем на колени и заявил, что «нужно соблюдать канон предков». Под этой формулировкой Бэнкрофт подразумевал, что «раскольникам» не следует позволять возвышать голос против епископата. Яков позволил продолжить дискуссию по конкретным вопросам.
В последовавших затем дебатах король повел себя прозорливо и рассудительно. Он отверг требование пуритан об углублении кальвинизма, но с интересом встретил их предложение создать новый перевод Библии. Этот запрос в итоге привел к великолепному результату в виде уточненного перевода Библии, авторизованного королем Яковом. Затем пуританские представители обсудили проблему подготовки знающих старейшин-пресвитеров и трудностей в работе с вопросами личного сознания. Король стремился уступать пуританам в определенных моментах, искренне веря, что умеренная политика, «средний путь», поддержит единство внутри Церкви. В зимнюю стужу камины Хэмптон-Корта ярко пылали, а король, епископы и даже делегаты пуритан кутались в меха.