Франциск расторг все связи с родственниками и стал проповедовать необходимость строгого покаяния, суровой жизни и отречения от мирских благ. Он притупил свои чувства и тело. Перед этим аскетическим героизмом начали преклоняться. Один ассизский богач смеялся над Франциском, но однажды, после его страстной проповеди, распродал свои богатства и пошел за этим человеком, оригинальным, но магнетически притягательным. Тогда к нему присоединились еще шесть человек. Все они поселились у ручья, в тесном шалаше, в окрестностях города; попеременно они ходили на проповедь.
В 1208 году Оттон IV короновался в Риме; Франциск послал письмо, где напомнил императору о суете мирской и о том, что вся слава его пройдет, как сон.
Его страстная натура не могла успокоиться на самоуглублении и созерцании, он всячески истязал свое тело. Трижды в ночь он бичевал себя: один раз – за свои грехи, другой – за живущих, третий— за души в чистилище. Чтобы притупить телесные ощущения, он, нагой, кидался в снег и, даже умирая, распростертый на сырой земле, оставался тем же героическим аскетом, каким всегда был при жизни.
Добиваясь неведомых подвигов, Франциск, напрасно выпрашивая у Иннокентия III разрешения открыть братство «нищенствующих францисканцев», обошел всю Южную Италию и отправился в Палестину. Он был в Сирии н Египте; всюду его сопровождала молва о чудесах. Говорили, что его жизнь напоминает жизнь Спасителя от самого рождения, что он даже превосходит Христа своими подвигами. Его миссионеры распространяли идею отречения от мира в Испании и в Северной, и Южной Франции, однако в Германии их постигли неудачи. «Германия не для нас, – повторял Франциск, – избавь нас Господь от немцев».
Вторично он явился в Рим в конце 1216 года, одновременно с Домиником, но опять потерпел неудачу. Доминик был счастливее его. Орден «проповедников» наконец был утвержден Гонорием III. Необходимость бороться словами с ересью альбигойцев и вальденсов, которые не переставали беспокоить церковь, была, вероятно, причиной того, почему папа двадцать второго декабря 1216 года – с целью учреждения общества на началах «Божиих и правилах святого Августина» – дал «брату Доминику, приору S. Romanis в Тулузе», утвердительную буллу, оставив разрешение вопроса о францисканском братстве до этого времени.