Данные обстоятельства потребовали скорейшего урегулирования отношений России с Японией даже ценой уступок. Согласно трактату, подписанному в Симоде 26 января 1855 года, русско-японская граница на Курилах устанавливалась между Урупом и Итурупом, как того и хотели в Санкт-Петербурге, а сам остров Сахалин российская сторона согласилась признать «неразделенным между Россией и Японией». И на протяжении 60-х – первой половины 70-х гг. XIX века Сахалин, находившийся в совместном управлении российской и японской администрации, свободно заселялся русскими и японцами.
Между тем Япония всячески стремилась расширять и укреплять свое влияние на Дальнем Востоке. В середине 70-х годов XIX века для этого оно использовало события, которые происходили на Балканах. В 1875 году российское правительство, полностью отвлеченное событиями на Балканах, пошло навстречу японским просьбам уступить все Курильские острова в обмен на отказ Японии от ее прав на Сахалин. Этот обмен официально был оформлен Петербургским договором 25 апреля 1875 года.
В 1890–1891 гг. 23-летний цесаревич Николай Александрович (будущий император Николай II) совершил поездку на Дальний Восток. 15 апреля 1891 года в сопровождении шести кораблей Российского императорского флота он прибыл в Японию, желая лучше познакомиться с этой страной и тем самым укрепить российско-японские отношения. Но там его подстерегала неприятность. Во время пребывания в Оцу японский полицейский внезапно кинулся к коляске, в которой рикша вез Николая, и нанес седоку два удара саблей. Хотя полученные Николаем раны не были тяжелыми, программа пребывания наследника российского престола в Японии была нарушена. Он срочно вернулся на крейсер «Память Азова» и отплыл во Владивосток, а оттуда уехал в Санкт-Петербург.
Несмотря на это и сравнительно молодой возраст, будущий император всероссийский достаточно хорошо оценил стратегическое значение Дальнего Востока. Поэтому, едва взойдя на престол, он 10 мая 1896 года утвердил «Положение» о строительстве коммерческого порта во Владивостоке в бухте Золотой Рог, выделив на это из казны огромную по тем временам сумму в 600 тысяч рублей. Благодаря этому к 1900 году Владивосток становиться крупнейшим торговым портом в данном регионе.
Таким образом, к концу XIX века Российская империя твердо укрепилась на Дальнем Востоке, четко определив свои границы с Японией и достаточно ясно обозначив свои интересы по линии разграничения с Цинской империей. Владивосток стал основным потом на побережье Японского моря. Но на повестку дня был вынесен новый вопрос, связанный с созданием линий коммуникаций между центром России и ее Дальним Востоком.